另一方面，由于Bravo小队的直升机坠毁且失去联系超过了一天，此时已经打入浣熊市警局内部的威斯克率领S.T.A.R.S.余下所有成员组成阿尔法小队进入森林营救。然而他们刚进入森林就遭遇大批丧尸犬攻击，威斯克引导队员们进入洋馆之中。

　　洋馆名义上是安布雷拉高管的别墅，实际上却是机关重重的秘密病毒研究所。根据安布雷拉公司的指示，威斯克需要引导自己的队员和生化兵器暴君进行对抗，采集战斗数据。在替公司办完这一切之后，威斯克给自己注射了G病毒，并故意让暴君杀死了自己。

　　出乎意料的是，暴君最终被阿尔法小队队员吉尔打败，小队成员克里斯和巴瑞也最终获救。而威斯克则因为与G病毒完美融合，最终在死亡后重获新生，获得了超能力。

　　从洋馆逃出来的克里斯、吉尔和巴瑞召开了记者会，想要揭露安布雷拉的罪行。但因为安布雷拉强大的公关力量，媒体纷纷认为三人的言行是无聊的猜测。随后吉尔和克里斯对安布雷拉的调查开始转为地下。

　　G病毒是威廉·柏金博士在费劲千辛万苦后研发出的新型病毒，比T病毒更强大，但是他却不愿意将自己的研究成果交给老板斯宾塞。1998年9月，斯宾塞派遣特种部队进入浣熊市研究所强行夺取病毒，并射杀了威廉。

　　威廉在弥留之际给自己注射了G病毒，然而他并未像威斯克那样完美融合，最终变异成了怪物。变异后的威廉和特种部队大打出手，而研究所内的病毒也在混乱中散播到了整个城市。浣熊市大量市民变异成了僵尸，成了人间炼狱。

　　与此同时，刚从警校毕业的里昂还不知道浣熊市正发生的一切，正打算去浣熊市警局报道。而克里斯的妹妹克莱尔也在这时决定前往浣熊市寻找久未联系的哥哥。然而最终呈现在二人眼前的浣熊市街头却游走着大量骇人的僵尸。

　　两人都逃往了浣熊市警察局，然而却发现警队的力量早就被瓦解了。两人决定分头寻找幸存者以及逃生路线。在停车场，里昂遇见了艾达·王，并与她结伴而行；克莱尔则救了一个叫雪莉的女孩，而她正是威廉的女儿。

　　在逃亡的路上，他们遭遇了暴君的攻击。里昂在战斗中铤而走险，挽救了艾达的生命，两人之间从这里开始产生微妙的情感。最终艾达向里昂透露出自己是被派来偷取G病毒的间谍，但为了里昂放弃了任务。

　　1998年9月底，由于浣熊市事态已经无法控制，美国国会投票决议通过决定用原子弹抹平浣熊市。里昂、克莱尔、雪莉等人在城市被毁灭前成功逃离浣熊市。

　　在洋馆事件之后，吉尔开始在浣熊市内调查有关安布雷拉公司的地下业务。然而在听说了美国政府打算用核弹抹平浣熊市之后，吉尔只好展开逃亡之旅。然而她却在逃亡路上受到了安布雷拉派来的生化兵器“追击者”的追杀。

　　与此同时，安布雷拉派遣了特种部队进入浣熊市，一边采集战斗数据，一边毁灭对公司不利的证据。卡洛斯虽然是安布雷拉特种部队的一员，但是极富正义感，在遇到吉尔后决定全力帮助她逃出生天。

　　吉尔和卡洛斯逃至市政府时，吉尔不幸受到追击者攻击而感染了T病毒，于是卡洛斯便独自前往安布雷拉旗下的医院寻找解药。

　　当吉尔康复过来的时候，美国政府已经准备发射核弹，毁灭整个浣熊市了。而留给他们逃离的时间仅剩15分钟。最终他们在垃圾处理场成功击败追击者，并搭乘巴瑞开来的直升机逃离浣熊市。

　　保护伞公司创始人之一的爱德华·阿西福特在1971年的时候去世了，他的儿子亚历山大继承了家业，并在南极建造了研究所，投入了研究工作当中。然而由于研究工作接连宣告失败，自暴自弃的亚历山大提取了自己家族祖先的基因，通过人工受精的方式制造出了阿尔弗雷德和阿莱克希亚兄妹。他开始寄希望于培养出智力超群的后代。

　　两兄妹果然智力超群。其中阿莱克希亚在10岁的时候就以第一名的成绩从大学毕业，其才华迅速地被安布雷拉高层认可，于是被派往南极基地担任研究主任。然而她的哥哥阿尔弗雷德则在家族密室中了解到了自己和妹妹的身世，两兄妹也因此开始憎恨父亲。

　　阿莱克希亚通过一种极其特殊的方法创造出了一种新型病毒“T维罗妮卡”，之后她在哥哥的帮助下以父亲亚历山大为首个人类实验体进行了实验。然而人体试验最终以失败告终，亚历山大变异成了危险的怪物，最终被两兄妹囚禁于南极基地地下秘密牢房中。

　　为了彻底完善维罗妮卡病毒，阿莱克希亚把病毒注入自己体内，并决定通过超低温沉睡的方式减轻病毒对身体组织的破坏。由此，阿莱克希亚开始进入了长达十余年的冬眠。而阿尔弗雷德则因为父亲的“失踪”在公司内部失势，被安布雷拉打发到洛克福德岛担任军事训练官。

　　浣熊市被毁灭后，为了继续寻找哥哥克里斯的行踪，克莱尔潜入了安布雷拉巴黎研究所。但因为行踪暴露而被逮捕，最终被送往洛克福特岛的监狱。然而洛克福德岛突然出现了T病毒泄露事件，克莱尔在混乱中逃出监狱，并结识了囚犯史蒂夫。

　　二人乘坐飞机准备离开洛克福德岛，但是却被阿尔弗雷德设定了飞机的自动驾驶，飞机最终飞往了安布雷拉南极基地。虽然在南极成功击毙了阿尔弗雷德，但是他在生命最后一刻唤醒了沉睡多年的妹妹阿莱克希亚。

　　此时的阿莱克希亚已经和维罗妮卡病毒完美融合，拥有了令人咋舌的力量，即使是拥有超能力的威斯克也在和她交手后迅速败下阵来。阿莱克希亚抓住了史蒂夫，给他注射了T维罗妮卡病毒。随后，史蒂夫变异成怪物，并开始疯狂追杀克莱尔。

　　在最后一刻，史蒂夫终于清醒并变回了人形，他向克莱尔表达了爱意后就死去了。至于阿莱克希亚则被后来赶来的克里斯用线性激光炮消灭了。

　　2004年，在浣熊市幸存的里昂已经成为了美国总统的直属特工，他上任后接到的第一个任务就是去一个西班牙农村拯救被绑架的美国总统女儿阿什莉。

　　在任务途中里昂发现绑架阿什莉的是一个神秘的宗教团体，其教主萨德勒会使用一种叫做“Las Plagas”的寄生虫控制他的信徒和军队。

　　与此同时，威斯克为了获得寄生虫的样本，派了女间谍艾达去执行这一任务。于是里昂和艾达在浣熊市事件5年后再次相遇。里昂对艾达的身份和目的充满了怀疑，但来不及发问就被艾达逃去了。

　　最终里昂成功打败了萨德勒，并救回了美国总统的女儿。但是“Las Plagas”却被艾达夺走，威斯克可能会利用它再次让世界陷入混乱之中。

　　2005年4月，美国西部某城市的机场遭遇了生化病毒袭击。而此时克莱尔刚好就在那座机场当中，陷入了险境。白宫方面派出了里昂前往处理这次危机。于是在拯救了克莱尔后，二人再次进行搭档，携手调查袭击的真相。

　　最终调查发现，策划这起袭击的是有七个亲人在浣熊市被害的幸存者米勒。他从黑市得到了G病毒，并以此为筹码要求美国政府公布当年浣熊市生化事故的真相。交涉无果且最终走投无路的米勒为自己注射了G病毒，变异成了怪物——当然最后还是被里昂打倒了。

　　为了应对日益严重的生化恐怖袭击，一个叫做“联邦生化反恐委员会”（简称FBC）的组织应运而生。它的领导人摩根是一个手腕强硬，极度渴望得到权力的人，为此他不惜人为地制造恐怖事件，以凸显FBC的重要性。

　　摩根把T深渊病毒交给了“猎犬”恐怖组织，任由他们四处制造恐怖事件。此外还给他们送了三艘豪华客轮，作为移动病毒研究基地。

　　2004年，猎犬针对特拉格里吉亚（人类史上第一座海上太阳能城市）发动生化恐怖袭击。大量生化怪物很快让整个城市变成了人间地狱。摩根见引发公众恐慌的目的已经达到，于是就决定一脚踢开“猎犬”组织，并在游轮上散播了T深渊病毒。

　　至于满目疮痍、充满怪物的那座海上城市，摩根为了毁灭证据下令用卫星矩阵的聚光作用毁灭整个城市。事件之后，包括帕克和杰西卡在内的FBC精英因为不满摩根的强硬做法离开了他，转而加入了另一个地位上不如FBC的反生化恐怖组织BSAA。而恐怖组织“猎犬”则在摩根反目之后全军覆没，只是其首领杰克·诺曼不知所踪。

　　一年后，BSAA逐渐发现了FBC的诸多可疑之处于是派遣吉尔、克里斯、帕克和杰西卡分头前往调查。然而种种线索都最终指向了漂泊在地中海上的三艘豪华游轮。于是克里斯、吉尔、帕克、杰西卡等人先后前往了两艘游轮上调查，但是关键证据却被摩根先一步清理干净了。

　　克里斯、吉尔想起还有已经沉没到海底的第三艘游轮，于是毅然潜到了海底搜集证据。在第三艘游轮中，他们遭遇了变异后的“猎犬”组织头领杰克·诺曼。经过一番苦战，他们终于取得了关键证据，最终成功逮捕了摩根。这一事件后，FBC一蹶不振，它的反生化恐怖职能最终被BSAA取代。

　　克里斯和吉尔在参与建立BSAA后不久，决定前往保护伞公司创始人斯宾塞的别墅进行调查。在这里他们遭遇了威斯克。一场恶战之后，吉尔与威斯克一同掉下悬崖。BSAA也因此认定吉尔阵亡，克里斯为此自责良久。

　　2008年4月，一个非洲小国发生政变，总统被杀。据悉，当地政变者从黑市购买了生化武器。BSAA得知这一消息后，派遣克里斯去处理此事，并与当地负责人谢娃进行合作。果不其然，当地不久后就爆发了大规模病毒感染事件。

　　在调查过程中，克里斯发现当地生化病毒感染事件的元凶是威斯克和他的三联公司。而吉尔并没有死去，但被威斯克控制了心智，成为了他的帮凶。为了解救吉尔，也为了阻止威斯克的阴谋，克里斯决定和威斯克做个了断。

　　克里斯和威斯克的最终决战发生在一座活火山旁边。经过一番苦斗，克里斯和谢娃成功打败了威斯克，并用两颗RPG彻底消灭了他。至此，系列人气最高的反派威斯克的生命正式画上了句号。

　　阿尔伯特·威斯克虽然死去了，但是“威斯克”的传奇并未结束。在浣熊市危机爆发数十年前，安布雷拉公司创始人斯宾塞筛选了数百名天资聪颖的小孩，给他们全部命名为“威斯克”。随后斯宾塞给他们都注射了一种可以大幅强化力量和智力的实验性病毒，希望以此创造新型人类。这一计划被命名为“威斯克计划”。

　　被注射病毒后的数百名威斯克中，只有两名完美融合了病毒，并幸存下来。其中一位就是叱咤风云的阿尔伯特·威斯克，而另一个则常年在隐居状态下研究一种可以让自己永生的病毒。她的名字叫做艾利克斯·威斯克，被称为“女威斯克”。

　　新型病毒最终虽然研发完成了，但是它有个很大的副作用：如果植入病毒的人产生了恐惧感，就会变异成可怕的怪物。因此实验体需要极强的意志力。于是女威斯克派人抓捕了包括克莱尔和莫伊拉在内的TERRA SAVE精英成员到一座孤岛上做实验。

　　后来，女威斯克发现了一种更有效的方法。一个叫做娜塔莉亚的小女孩因为在几年前目睹了父母死在自己面前，精神受到损伤，从而没有了恐惧感。于是女威斯克打算转而把自己的意识灌输到娜塔莉亚身上，夺取这个可以和病毒完美融合的肉体。

　　女威斯克成功把自己的意识复制到了娜塔莉亚身上，接下来她打算让自己的本体自杀，以伪造女威斯克已死的假象。然而意外还是发生了，女威斯克本体在自杀的那一瞬间还是表现出了恐惧，从而突变成了丑陋的怪物。

　　女威斯克看到自己丑陋的面庞，心理变得极度扭曲。她为自己注射了衔尾蛇病毒，想要抹杀掉娜塔莉亚这个比自己美丽的存在。不过最终还是在克莱尔、莫伊拉以及巴瑞的联手攻击下被消灭了。

　　至此“威斯克计划”宣告破产。然而在娜塔莉亚体内仍然存在着一份女威斯克的复制意识，不禁让人担忧今后的娜塔莉亚将会做出怎样的举动。

　　东斯拉夫是东欧一个常年处于内战的国家，根据情报似乎战争中有使用生化武器的痕迹。为了防止危险扩散，美国方面拍了里昂进入东斯拉夫进行调查。然而中途美方突然宣布任务取消。可是拒绝撤退的里昂坚持独自留了下来，决心要揭露真相。

　　留下来的里昂几经波折进入了反叛军内部，而另一方面艾达也为了偷取病毒样本伪装成BSAA顾问来到了这个国家的女总统身边。于是，里昂和艾达就这样又一次在这个东欧小国相遇了。

　　经过双方各自的调查，最终发现这个国家的女总统才是引发动乱和生化恐怖的幕后黑手。于是里昂和艾达再一次联手挫败了阴谋，并中止了这个国家的战乱。

　　当然，艾达作为一个优秀的间谍，还是成功取得了女总统的病毒样本，并高价卖给了美国国家安全顾问西蒙斯。得到这一病毒样本的西蒙斯，似乎开始准备酝酿一场更大的阴谋。

　　2012年，BSAA得知东欧某国家藏匿了大量生化武器，于是决定动用武力强行攻击。克里斯作为这次攻击计划的负责人，带领了整个BSAA小队进行行动。然而BSAA小队最终因为中了陷阱而死伤惨重。

　　与此同时，威斯克的儿子杰克以雇佣兵的身份出现在了那个东欧国家。由于他身上流淌着威斯克的特殊血液，美国政府决定派人保护他。派出的那位特工就是当年在浣熊市幸存下来的威廉·柏金的女儿雪莉·柏金。可是最终雪莉和杰克都被神秘敌人俘虏了，并被送往了位于中国兰祥市的秘密研究所。

　　2013年，美国总统决定公布1998年浣熊市事件的真相。可就在此时却遭受了生化恐怖袭击，总统也被感染变成了丧尸。负责总统安全工作的里昂和海伦娜因此被诬陷为凶手，并成为了最高通缉犯。二人为了寻求真相开始四处调查。

　　就在这时，兰祥市爆发了生化恐怖袭击。克里斯再次率领BSAA小队介入调查，杰克和雪莉也趁乱逃出了实验室，里昂和海伦娜也为了调查来到了这里。于是所有的焦点全部聚集到了这个东方海港城市。

　　随着众主角的调查逐渐深入，美国国家安全顾问西蒙斯这个幕后黑手逐渐浮现了出来。西蒙斯是一个颇具讽刺色彩的角色。他在几年前的一次交易中见过了艾达后，就在心里疯狂地迷恋上了她。但由于始终得不到艾达的芳心，于是他决定利用病毒和克隆技术给自己制造一个艾达。于是外貌和艾达一模一样的卡拉就这样诞生了。

　　由于卡拉拥有和艾达一模一样的外貌，因此她在世界各地替西蒙斯做出的坏事都被归罪到真正的艾达身上。于是，真艾达也介入了调查当中，并在暗中帮助里昂等人。最终，西蒙斯以及被他制造出来的卡拉都被众主角彻底消灭。这次系列中波及范围最广的生化恐怖事件就此拉上帷幕。