鲁本的死一度让马塞洛医生坐立不安。他原本仅仅是想向老东家献殷勤而已，可万万没想到事态最终会发展到这种地步。然而随之而来的名利也是同样激动人心的，立下大功的马塞洛在莫比乌斯内的名望获得了显著提高，与STEM相关的研究优先级也得到了空前提升。作为一种可以直接读取、连接、甚至是控制人类意识的机器，STEM在未来有着非常广阔的现实应用前景。马塞洛很快就将自责和愧疚抛诸脑后，毕竟还有更伟大的事业在等着他。
然而事与愿违，马塞洛接下来对于STEM的研究很快陷入僵局。他将一批又一批的精神病人送进了STEM的世界中，可是越来越多的人无法活着回到现实。STEM所创造的虽说是虚拟现实，但是却和人的脑神经高度连接。因此一个人假如在STEM世界中死亡，他在现实中的大脑也会受到致命损伤。根据少数幸存者的描述，STEM中出现了一个试图杀掉所有人的“幽灵”。从种种迹象来判断，这个“幽灵”正是被活体取脑的鲁本。
在现实中，鲁本仅仅是一颗活在培养皿中的脆弱大脑；但是在STEM世界里，他却能够依靠自己作为STEM核心的特殊地位随心所欲地编织梦境。他将自己意识中的阴暗面转化成各种怪物，并驱使他们攻击所有试图进入STEM的人。
马塞洛医生虽然获得了鲁本生前留下的大量技术文件，但是对这台机器的了解其实依然浮于表面。他原本想利用STEM直接读取鲁本大脑中残存的意识，从而获得与之相关的所有脑科学知识，可是鲁本在梦境中的反击让他的进展举步维艰。不过随着实验的推进，马塞洛医生总算还是有了一些进展。他发现有一位叫做莱斯利的精神病人总是能够毫发无损地从鲁本的梦境中安全返回，联想到这位精神病人在鲁本生前还被他标注为特殊实验体——马塞洛突然意识到这个人可能正是突破瓶颈的关键。
经过一番努力，马塞洛医生勉强开发出了一台自己的STEM。不过从功能上来看，这台新机器顶多只能算作之前STEM的干扰器——它无法独立运作，但是却可以在一定程度上干扰鲁本的梦境，开辟出一片怪物们无法轻易插足的安全空间。马塞洛的计划是利用干扰器在鲁本的意识世界中开辟一条安全路径，然后再亲自带着莱斯利这个“挡箭牌”进入鲁本意识最深处，从而获得机会读取并吸收他的知识、技术和意识。
然而莫比乌斯集团却有着另外的打算。考虑到马塞洛医生已经在STEM研究方面迟迟没有突破性进展——莫比乌斯高层早已对马塞洛医生的能力产生怀疑。在他们看来，马塞洛医生这一次的行动实在太过鲁莽和冒险。莱斯利这种完全不受鲁本影响的“素材”在这个世界上很可能是独一无二的，因此绝不应该浪费在这场无谓的冒险上。
不过一切都已经太晚了。沉不住气的医生率先一步启动了自己的计划，他迫切地希望重新向莫比乌斯证明自己的价值。莫比乌斯在得到消息后也迅速派出了自己的特工进入STEM夺回莱斯利，她就是游戏的女主角基德曼。
基德曼早年曾是典型的不良少女。她在14岁那年就离家出走，抽烟、吸毒、盗窃、斗殴、袭警……不良记录挤满了档案。直到有一天，莫比乌斯的人将她招募进公司并训练成一名特工——毕竟这种生活在社会最底层、没有任何背景的人正好可以帮助公司去干一些见不得光的勾当。在完成训练后，基德曼被莫比乌斯安插进当地警局当卧底——而这一方面是为了将公司的势力延伸到警察体系内，另一方面也是为了应对社会和警方对莫比乌斯日益增长的警觉。
为了研究STEM技术，鲁本生前除了大量使用精神病人作为小白鼠之外，还时常绑架了一些城市里的正常人回来做样本。精神病院频发的“医疗事故”和社会上越来越严重的人口失踪问题其实早就引起了社会和警方的关注。但是莫比乌斯每一次都总是能利用自己强大的影响力让警方调查偏离方向。比如一位叫塞巴斯蒂安的警探和他在人口失踪调查部上班的妻子麦拉一度成为了离真相最近的人——然后他们家就突然神秘地发生火灾，这对夫妻的女儿莉莉则被吞没在火海中。这场悲剧彻底破坏了一个家庭，塞巴斯蒂安开始毫无节制地酗酒，而麦拉也在和他多次争吵后离家出走下落不明。当然，针对失踪案的调查也不了了之了。
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