《Marvel vs. Capcom 2》的玩法是3对3的团队战,不过玩法不是轮番上阵的车轮战,而是随时可以切换队友上场、呼叫同伴协助攻击与防御的六人混战。游戏的操作舍弃了Capcom惯用的六键拳脚,改成四键拳脚、两键援助的配置。玩家可以利用援助键呼叫场外待机的队友进场攻击(Variable Assist)、防御反击并切换队友上场(Variable Counter),甚至是全体队员同时出场放大绝招。前面提过游戏一共有56个人物可选,不过56个人物里有些色盘调换的重复角色,例如Iron Man与War Machine除了大绝招不同,两人只有颜色上的差异;同样的状况也出现在骨爪版与一般版的金钢狼等等。 Arcade版的《Marvel vs. Capcom 2》一开始就能使用所有的人物,不必像先前版本一样逐步解锁隐藏人物,算是比较方便的地方。