《生化危机3》故事开始
按照时间,《生化危机3》的故事发生在《生化危机2》之前,1998年9月,吉尔作为留守警局的最后一批人,开始寻找幸存者并逃出浣熊市。而安布雷拉派遣特种部队进入浣熊市,开始采集战斗数据并毁灭相关证据。特种部队的一员即卡洛斯,生化危机3男主角。同事安布雷拉派出复仇者,下达指令为:消灭所有STARS队员。
吉尔在与复仇者的对抗中感染病毒昏迷。而卡洛斯为其寻找解药。
《生化危机 枪下游魂》故事开始
1998年10月9日靠近法国的法属席那岛上的犯人计划越狱。因为他们得知自己将会被安布雷拉作为活体实验。席那岛的犯人集体越狱。席那岛研究所所长宾塞德下令将犯人全部射杀。
里昂依靠中情局获得的情报,知道席那岛事件,因此委托自己的侦探好友雅克·汤臣进入席那岛调查。雅克潜在1998年11月1日入席那岛研究所。
斯宾塞宣布解除宾塞德的一切职务,丧心病狂的宾塞德将T病毒散布到整个小岛。,雅克准备离开席那岛,但被宾塞德击落直升飞机,而他丧失记忆。
雅克开始逃出席那岛。在途中救出了12岁的少年洛特和其妹妹莉莉。而宾塞德将自己研制的SuperTyanrt唤醒企图杀死雅克一行,却把自己害死。而在整个小岛爆炸前,雅克三人逃出席那岛。雅克将在席那岛取得的资料交给里昂,而里昂加入由浣熊市受害者及质疑安布雷拉的人组成的反安布雷拉组织,随后前往欧洲。而吉尔、克莱尔均前往欧洲。