可是在2035年却发生了「AMADA」社机器人AI技术遭受商业间谍盗取的重大事件。在2039年「AMADA」与北美的「BERGEN」展开法律诉讼,而「BERGEN」已经是全球机器人市占率95%的机器人制造商,对于政治与财经有绝对的影响力,败诉之后社长天田洋二就此在公开场合消失。
2034年由于下层都市受压迫许久,终于爆发了武装反抗活动,为此日本政府组成「内务省」,并将「警察厅」、「海上保安厅」、「总务省」、「国土交通省」、 「厚生劳动省」等机关权限吸收,并为了对应反抗活动,大量投入了「AMADA」的机器人治安维持部队。直到了2080年,虽然几乎没了反抗活动,但是却持续增加机器人部队,内务省的权力已经不可言喻。
2040年IRTA(国际机器人技术机构)订立了「New Geneva」条约,目的是削减军事机器人的数量,并且限定使用目的,以防人型机器人的自杀炸弹客进行不人道的毁灭攻击,特别是第21条「New Geneva Code」,禁止拥有高层次思考精神力的人型机器人研究开发。
2047年本作主角Dan Marshall于美国内布拉斯加州出生,于18岁时加入美国陆军,优异的表现取得了「生还者」的称号。
2080年精神不稳定的男子闯入北美「BERGEN」总公司,造成了震撼全球的「BERGEN公司事件」,该名男子拥有金属骨骼,外层披覆着类人类组织,并被称呼为「虚空之子」(ホロウチルドレン),这样的人型机器人已经严重违反40年前的「New Geneva Code」条约,而其AI是前所未有的先进技术,而人类社会已经不知道混入了多少这样子的「虚空之子」。为此,事件矛头指向了疑似违反「New Geneva Code」的「AMADA」创立者天田洋二,10天后IRTA派以Dan Marshall为首的特殊部队「最后小队」(ラストクルー),越过筑有高达100公尺的东京湾巨大堤防,希望秘密拘捕嫌疑人天田洋二。但是排外的日本政府对于闯入日本的非法入境者将会无情狙杀,使得最后小队要面对内务省治安维持部队,也要面对下层都市的追击。