2代的故事紧接1代,年迈的铁拳王朝国王终于驾崩,他的两个儿子罗兰德(正义方)和阿基巴德(邪恶方)为了争夺王位而展开了激战。这个主线剧情贯穿了2代的全部战役,并且在后来的其他游戏(比如《魔法门六》)里也有所提及。按照剧情设定,阿基巴德本来应该是光明正大地与兄弟争夺王位,但作为邪恶一方他显然不肯走正常的方式解决问题,于是阿基巴德就暗杀了王位评定委员会的成员,并把这一切推到罗兰德的头上。罗兰德被迫出走,阿基巴德就此登上了宝座——然后你就要扮演罗兰德带兵打回来,至少在正义路线里是这样。有趣的是游戏也提供邪恶路线,你扮演阿基巴德实现自己的野心。而根据你的选择,你使用的阵容也有所不同——恰恰就是2代多出来的2个新种族。大多数人认为,亡灵巫师族上手快,成型早,适合打快攻。但如果把游戏拖到3个月以后,那么巫师城的威力就会体现出来:泰坦打骨龙有如探囊取物,取完这个物,作为2代里攻防最高的单位,它还可以轻松地取掉吸血鬼和骷髅这两种物,而这三种怪正是传统意义上的“亡灵三巨头”。在2代的游戏里,招魂术的强大还无法得以体现(可能也和缺乏不死国王斗篷之类的宝物有关),这可能也是亡灵巫师城后期不行的原因之一。
可想而知,既然升级有这么大的好处,那不升级或无法升级的单位就很弱小,相对也就很吃亏。于是,你很容易就把目光落在野蛮人城上——在所有6个种族里,有3个种族的顶级兵是不能升级的,这是其中之一。但是它的顶级兵“独眼巨人”是步行单位,而另外两个种族的顶级兵“凤凰”和“骨龙”都是飞行单位。在魔法方面,从它的名字“野蛮人”就可以看出,这个种族的魔法能力不可能太强(在2代里所有的城都可以造出5级塔,但是野蛮人的英雄主要是加攻击力的,智力很低,学了5级法术也用不了几次)。这就使得这个种族成为了不好用和没有后期潜力的落后种族,再加上它需求的资源单一(需要大量石头),这可以说是2代游戏里平衡性最差的种族。当然,这一代里引入了“第二技能”的概念,也就是你需要3级智慧术以学会5级法术,这个概念在后来的3代里被证明是非常成功的。
在魔法方面,这一代出现了5级魔法塔,而且大多数时候5级塔教的都是召唤元素这种垃圾法术,这真是个愚蠢的设定!考虑到所有的城都可以造5级塔而除了巫师城有图书馆之外别的城里5级塔都只能学1个5级法术,这样的设定使得你几乎不可能学到高级的法术,因为要靠自己的能力去造出5级魔法塔需要非常长的时间——惟一的办法是等电脑造好后把它的城打下来。当然,5级法术里也不乏经典之作,比如著名的“城镇传送”。NWC也意思到了这一点,在后来的资料片里,你获得安杜兰战斗服后就可以自动学会这个法术,只要有法力值和行动力,就可以在地图上自己的城池之间任意传送,神兵天降,打敌人一个措手不及!
从2代开始,《英雄无敌》系列开始制作资料片了,通常在资料片里会有更多的怪物、宝物,以及数个新战役。这一代的资料片叫《忠诚的代价》,加了一些新宝物,但最经典的设计还是“组合宝物”。这个概念在当时来说并不算新鲜了,不过真正用在游戏里,这算是比较早的——基本上是同时期的作品《暗黑破坏神》当然也是经典之作,可是1代里居然就没有组合宝物!在《忠诚的代价》里,惟一的组合宝物就是“安杜兰战斗服”,3个最实用的属性+5,士气和幸运直接最大化,还能学到转城大法,可以说有了它你基本上就无敌了。这个有威力的宝物要到倒数第2关才能合出来,可以带到最后一关用,是一个很好的设定。这样的设定后来被3代沿袭了,在2代里,英雄无法带到下一关,每关开始你都要把英雄从1级练起(个别特殊英雄出来就是5级,但也仅是如此)。这个问题,后来在3代里做了改进。