注意！下页包含大量剧透内容，这不是演习，想要亲自体验剧情的朋友请慎重的翻到第4页。
2065年的战场迎来了另一次技术革命，世界主要大国都配备了一种新的防空武器系统，即Directed Energy Air Defense（D.E.A.D.）系统，能有效的拦截传统意义上的空中力量。因此，陆军再一次成为了战场的主导性力量，与之相配的是大量的步行坦克与机器人士兵。
玩家所扮演的角色是隶属于CIA的BO小队成员，名字就是“玩家”，说白了就是让我们自己扮演自己。作为特种部队中的特种部队，玩家的团队是最先得益于黑科技的人群，整个小队的战斗成员都装备了D.N.I.（Direct Nerual Interface）系统——一种能够让使用者直接接入数据网的人机互动设备（脑插）。通过这种设备，士兵们除了能在赛博空间进行模拟训练以外还能实时处理战场上的各种数据信息，甚至给身体加装机械强化部件，战斗效能远非一般部队可以。
选择主角性别，反正你只能叫“玩家”
故事从主角的一场营救任务开始，尽管任务取得了成功，但主角却在最后关头被敌人的机器人士兵抓住，身体受到了不可逆转的损伤。虽然最后为一起合作行动的泰勒（CV是Christopher Meloni，曾出演《法律与秩序》《真爱如血》等）小队所救，但为了修复失去的肢体，主角不得不接受了D.N.I.与机械化改造（与《高级战争》一个意思）。
传统的PVE生存模式整合进了基地电脑的挑战模式
一晃五年过去，玩家与战友亨德里克奉命调查一个位于新加坡的、突然失去了联系的CIA据点。此时的新加坡已经不复东亚四小龙时代的辉煌，2058年的超级风暴让国家蒙受了巨大的损失，国家的经济就已经陷入了崩溃的边缘，在2060年时，位于地下科学城的科尔利森公司研发中心发生了爆炸，引发了一场剧毒物质泄漏的灾难性事件（泄露物质其实是NOVA-6，前作中出现过的超级神经毒气），有30万人在这场灾难中丧生。
D.N.I.的特技系统
由于不清楚灾难的来源，且不知道NOVA-6的底细，无法排除生物性扩散的可能，新加坡政府最终在灾区四周修建起了一道由围墙与铁丝网构成的隔离带，将25平方公里的“污染区域”包围了起来（其中还有20万左右的居民。几年以后，灾害已经趋于平缓，但隔离区内却出现了一支脱生于华人帮派的反政府组织武装力量——54长生军，与新加坡政府展开了全面对抗，而CIA失去联系的秘密据点恰恰就在隔离区内。
54长生军的领袖之一，没错，她要死了
54长生军似乎是CIA据点失联理所当然的罪魁祸首，但在调查的过程中主角发现，真正的袭击者居然是曾经的战友与救命恩人泰勒小队。为了查明事件的真像，主角一行决定前往泰勒小队在袭击CIA据点前去过的最后一个地点：泄漏灾难的源头科尔利森公司研发中心，却发现这里其实是CIA当年秘密研究项目的一个幌子，而造成了30万人死亡的罪魁祸首很有可能就是CIA。
曾经的队友，现在都成了敌人
泰勒小队的一名成员迪亚兹还滞留在此地，正想要将事件的真像与在CIA据点获取的联络信息公布到公共网络（其中包括CIA在全球各地所有据点的地址）。主角们不得不将其制服，通过读取迪亚兹的D.N.I.，主角们发现泰勒正在寻找当年灾难发生时研究所内的幸存者，同时还在寻找神秘的 “冰冷的森林”。主角一行人不知道“冰冷的森林”究竟是指什么，不过由于关于CIA安全据点的信息还是被泰勒亲自在不久后泄漏了出去，主角一行也因此不得不暂时放弃追踪泰勒，转而前去营救陷入危险的支援团队。
按照编剧的意图，这应该是一个玩家既信任又仰慕的恩人，不过前面的情节铺垫显得比较单薄，这种感情也提炼得不是很好
在救出了支援团队后（其实主要是为了救一个叫凯恩的妹子），主角一行继续前往埃及追捕泰勒。此时泰勒已经抓住了当年事件唯二幸存者之一的萨利姆博士。萨利姆博士表示当年自己确实在新加坡参与了一个秘密的D.N.I.研究项目，他的主要工作是引导和评估（被强迫进行人体试验的实验体）的心理状况。所谓“冰冷的森林”不过是他为了让实验体保持平静的一种催眠暗示，并不存在什么特殊的意义。
这就是凯恩了，她没装D.N.I.
在随后的一场战斗中，主角一行击败了泰勒小队的另一名队员哈尓（CV是Katee Sackhoff，《太空堡垒卡拉狄加》里的星巴克），主角在连接哈尓的D.N.I.时终于搞清楚了事情的真像：原来在新加坡造成了灾难的研究项目根本目的是设计一种能够扫描和搜索使用者思想的程序，由于CIA预计了D.N.I.在将来必然会在大众间实现普及，这种技术所提供的扫描和过滤将比现有的任何信息检索手段都能更加有效的对人民的行为乃至思想进行监控，从而防备潜在的恐怖袭击（或者搞独裁）。
升级版的“棱镜计划”没搞成，反倒弄出了这么个玩意
