即便是对于一般的AVG粉丝们来说，《方根书简》在最基础的剧本方面也不是白璧无瑕。事实上，这部分的问题还真就不少，首先就是细节处的真实感，具体的表现就是，作为整个故事的核心，主角的言谈举止在很多时候都让人觉得非常怪诞。这种怪诞在很多时候不外乎是一般电子游戏角色们那稍微有些超越现实的逻辑，但在《方根书简》这个被刻画得极为真实的世界中，这种逻辑的出现和反复应用就变成了对真实感的撕裂。
有一小块点心就能让某NPC心防崩溃
在失败的主角背后还隐藏着本作风格上失败的杂糅。尽管不见得是有意为之，《方根书简》确实很像是一部试图取众家之所长的作品，在游戏中我们能够看到一点点的《秋之回忆》，一点点的《流行之神》和一点点的《逆转裁判》（本作的追问机制就和法庭辩论有几分相似）。从特定的角度来看，本作确实因为借鉴了这些经典而获益，但可惜的是，由于缺乏除了画面以外的、实质性的独特风格，这些多种风格的同时出现并不显得十分和谐，经常会让人在突变的气氛中感到出戏。
包裹在结构之外的故事本身也没能很好的吸纳多种不同的风格，至少在游戏的前百分之八十是如此（这里有个大笑话，我们最后再讲）。与本作那看似复杂的系统相比，负责给这个系统提供使用价值的剧本则显得太过仓促，一周目时间大概需要10个小时，但其中恐怕有三分之一的时间玩家要花费在调查无关紧要的场景之上。至于余下的这7个小时是否能把角色塑造得丰满、是否能把故事讲好，恐怕玩家们至少会分成五五开的两个对立阵营。
故事最重要（或许也是唯一）的亮点大概是对悬念的营造把握得比较到位，悬疑的最大魅力就在于它为观众（玩家）提供了许多种的可能性，在恰当的牵引下，我们的想象力会自顾自的变成一匹狂奔的野马，把我们带入自己脑海中那些或美妙或吓人的角落。不过作品中的悬念（在大多数情况下）终究要在最后给我们提供一个解释，与前面所提到的那些线索扣拢在一起。这是一般论，说白了，角川游戏这次没这么玩，因为它给我们的不是一个解释，而是五个。
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