由DC Comics原创的游戏剧情,是《不义联盟:我们之中的神》中备受关注的重点之一,本作在故事模式中采用了不同于一般格斗游戏的表现手法:以我们对于一般格斗游戏的印象来说,每一名参战角色在故事模式中应该都会拥有自己专属的剧情路线和结局,但在《不义联盟:我们之中的神》中却是所有的参战角色共用一条剧情路线,并以章节的形式让玩家依序操弄不同的角色来推进剧情。由于本作的原创故事结构不仅相当完整,且剧本在品质上也具有相当程度的水准,因此像这样的表现方式能让玩家们比较能够容易理解并融入游戏的剧情。
但相对而言,虽然游戏的故事剧本并不差,但与特典所赠送的漫画相比,由于删减了许多细节并对一些过激的部分进行了修改,让游戏中的剧情表现稍嫌平淡了一点,像是连看了好几集那种会在Cinemax频道播出的美国英雄动画一般。加上故事剧情只有一条路线且没有其他的分歧或是隐藏要素,缺乏让人再次挑战的动力,也因此让游戏的耐玩度打了一点折扣。
故事模式中不时会出现的战前强制QTE,成功的话可以减少下一场战斗对手的体力