在本作中的调合与战斗保有《罗洛娜的炼金工房》的特征,并采用《梅露露的炼金工房Plus~亚兰德的炼金术士3~》的系统为基础。
在调合上因为可任意选择生产道具的特性,所以在制作“最强道具”的乐趣也提升了不少。
另外,部分道具也能够装饰在工房内来“改变装潢”。有些装饰道具还可以让特定能力值提升。
除此之外,也能取得“超越时空”的道具,这是一个名为「时空胶囊(タイムカプセル)」的系统。放入时空胶囊的道具会“变化”成各种型态。如果有《托托莉的炼金工房》、《梅露露的炼金工房》的存档的话,变化的种类会增加更多的样子。
战斗方面,也会显示小队成员跟怪物的行动顺序了。另外,攻击以及防御时会受到伙伴协助的「协力系统(アシストシステム)」依然健在。