对我来说，这部游戏最重要的魅力所在，就是大量的存在主义和虚无主义哲学的元素——这些东西构成了这部游戏世界观的根基。真实世界中的哲学文本晦涩而抽象，但当这些思想恰如其分地被嵌入进游戏的主线和支线、人物和情节设定，为我们搭起一个虚拟而完整的叙事后，玩家将会在笑泪交织和无尽的惆怅中，感受到哲学思考的力量。
这些哲学元素，在机械生命和人造人身上分别都有体现。正如剧情介绍中所述，在一路战斗的过程中，人造人会一点一点地在机械生命身上看到其努力探索生命意义、试图「成为人类」的痕迹，由此产生对于既定世界观的质疑，亦开始反思自身的存在。这是游戏的整体主线。
作为人造人的「哲学启蒙」，机械生命方面的设定可以说是精彩至极：游戏中的主要机械生命角色，从 NPC 到 BOSS，几乎都是以古今中外的大哲学家命名的。每一个命名和剧情都暗含深意，熟悉哲学史的玩家将会被游戏中恶搞哲学家轶事的「梗」逗笑（比如机械生命「萨特」就和真实的「萨特」一样风流成性、女粉无数），而正是在与这些大哲学家们交手的过程中，我们慢慢触摸到了游戏最根本的内涵。
本文开头的那场作战，我们所面对的敌人就是机械生命「波伏娃」。它之所以将自己打扮成一个女人的模样，并且追求美丽到发狂的地步，全是因为它爱上了另一个机械生命——对，正是「萨特」——哲学家波伏娃现实中的情人。
在一周目的时候，我们只知道这是一个打扮诡异、行为癫狂的怪物。但二周目中，我们第二次将「波伏娃」杀死，并且骇入它的意识中读取了思想，才知道这一切的疯狂从何而来：
「到了现在，我仍不懂『喜欢』是什么样的感情，就算如此，为了让那个人对我动心，不管是怎样的努力我都会做。……所谓的『美丽』究竟是什么呢？我们机械生物的知识中没有那种概念。因此我试着查阅人类残存的过去资料，『美丽』似乎能藉由装扮自己、保养肌肤等行为被强化。我要为了那个人变得『美丽』。」
「我每天都努力让自己变得更美、更有魅力。但始终无法让他回头看我一眼。……我无法得到那个人的心。不管是昂贵的宝石、贵重的饰品或美丽的身躯，他都毫无兴趣。我究竟是为了什么而变成这样的呢？没有意义。……谁来认同我。」
原来，她杀死无数人造人、甚至食用自己的同类机械生命，都是为了获得所爱之人的认可，这是她自我实现的方式。这正呼应了真实世界中的哲学家波伏娃在她的着作《第二性》中对女性心理的分析：「服饰对许多女人之所以如此重要，是因为它们可以使女人凭藉幻觉，同时重塑外部世界和她们的内在自我。……通过被人嫉妒、羡慕或赞赏，她想得到的是对她的美、她的典雅、她的情趣——对她自己的绝对肯定；她为了实现自己而展示自己。」
对于机械生命「波伏娃」而言，它的可悲之处不在于它最终没能获得「萨特」的心，而在于它将自己存在的意义完全依附于外在的展现之上。况且，机械生命原本是没有性别的，但它为了得到认可，将自己硬生生地塞进了人类社会对于女性性别的刻板认知中。它疯狂地想要变得更「美丽」，疯狂地改造自己，以为那样就能够换来认可与爱——可最终证明，它不过是重蹈人类女性的覆辙罢了。
而「波伏娃」所念念不忘的「萨特」，也是现实中萨特的翻版。它不但数次差使主角帮它与各地的女粉丝传递信件，最后还将这些全都抛下，一个人去云游四方。它一见到主角就开始咕哝的「存在先于本质」，正是哲学家萨特关于存在主义的知名论断。这句话的意思是：并不存在某些先验的本质，你所做的事情将定义「你是谁」。
这句话说得没头没脑，令主角一头雾水，但实际上是这部游戏中最提纲挈领的一句，解释了机械生命的存在哲学：它们虽然是机械生命，但不代表它们注定成为没有意识和感情的机器。只要机械生命拥有了感情，学会了思考，甚至能够在独立意识中反思自己的存在处境，这无疑已经将机械生命摆到了真正的人类的位置——说到底，人类的本质是什么呢？不就是这些感情、思考与意识吗？当机械生命也发展出了这些能力以后，它们将夺过定义权，成为这个星球上的新人类。
游戏中的机械生命「帕斯卡」正是「重新定义机械生命」的践行者。它是机械生命中的和平主义者，成为一个机械村落的领袖——在那个村子里，机械生命们和平共处，并且发展出了父母兄弟姐妹这种属于人类的「家庭关系」。现实世界中的哲学家帕斯卡有一句名言——「人是一根会思考的芦苇」，而机械生命帕斯卡也如同它的原型一般，拥有超强的知识储备和思考能力，不但阅读大量人类的哲学着作，还用这些知识来教育村子里的「下一代」。
虽然现实世界中的帕斯卡常常堕入悲观主义的倾向，他论证人的可悲，又说：「人之所以伟大，在于他理解自身的可悲」；但游戏中的机械生命「帕斯卡」却一直以积极开朗、热心助人的形象出现在主角面前。在它的努力之下，我们看到机械生命之间也会产生强烈的情感连结，也能够与世无争地生活在这个世界上，它们所领悟的感情和思考的问题与人类别无二致。
不过，在游戏的三周目，「帕斯卡」所管理和教化的小村落里的机械生命突然开始同类相食，它尽力救出的孩子们也因为承受不了「恐惧」这种情绪而选择了自尽。「帕斯卡」痛苦地反思：是否本不该教会孩子们去感受各种情绪？它们越来越像人类，但也如人类一样成为了脆弱的芦苇——而「帕斯卡」当然也不例外。极度悲伤的它无法承受这种残酷的现实，要求人造人帮它消除了所有的记忆。这或许也是对于真实世界那位大哲学家帕斯卡的一个遥遥的呼应：它终于理解了自身的可悲。
除了这些大哲学家们以外，游戏世界里的其他机械生命也在向我们证明：在发展出自我意识、寻求生命意义的机械生命，其实与人造人——甚至人类本身，本质上都没有区别。
有的机械生命在游乐园里向你快乐地抛洒彩条，有的机械生命则会央求你寻回迷路的妹妹或是领回离家出走的儿子，有的机械生命甚至选择为了信仰而自杀。虽然迫于游戏设定而不得不一路大开杀戒，但正如主角们越发地对这些机械生命的情感和意识感到困惑，我们作为玩家也渐渐陷入了思考：是什么让人成为人？我们为了什么而活？存在的意义究竟是什么？
玩家所操控的人造人这一方，一开始是带有非常鲜明的价值体系的：它们是新型「寄叶部队」，它们要为了造物主人类而战。它们目标是消灭敌人，而敌人则是外星人和机械生命。在人造人的基地「地堡」中，我们曾经与其他人造人战士们一同心潮澎湃地宣誓：愿人类荣耀长存（Glory to mankind）！
带着这样的宏伟梦想，我们操控人造人2B 一路高歌猛进，神挡杀神，佛挡杀佛，对那些顶着大哲学家之名的机械生命也毫不手软——谁让我们是正义的一方呢？在这个过程中，有些机械生命的表现的确令我们迟疑，但2B 和9S 不断地在告诉对方：「它们是没有感情的机械生命，不要被它们所迷惑！」直到打败最终的大 BOSS，当一同出生入死的搭档9S 的意识在一个机械生命的躯壳上复活时，我们对于机械生命的存在才开始有了一些模煳的感受和思考。
进入到二周目后，在搭档9S 的视角下，我们将整个战斗过程复盘了一遍，才发现了许多残酷的真相。人类在外星人入侵的时候已经灭绝，所谓与月球的通讯不过是「地堡」制造出来的假象：他们一路前行、浴血奋战的理由，根本不存在。而那句在游戏中不断出现的誓言「愿人类荣耀长存」则变成了彻头彻尾的笑话。
玩家在一周目相信的价值、确立的意义，在二周目都崩塌了。非但杀戮本身被证明毫无意义，更重要的是，在失去了能够为之奋斗的目标后，我们如何自处？作为造物主的人类，对于人造人而言就是上帝一般的所在，那么当上帝已死，我们如何在这一片信仰的废墟之上，重建自身存在的意义？「世界是荒谬的，人生是痛苦的」——这是存在主义的另一条论断。多么有趣，当人造人与机械生命在逐渐习得人类的情感和意识之后，它们亦陷入人类所面临的终极困境：世界毫无意义，生命毫无意义，该怎么样好好活下去？
游戏毫不留情地击碎了一切意义，将主角与玩家的情绪都推向绝境后，似乎又给了我们一点希望的曙光。在游戏的三周目，我们遇到了最后几位机械生命 BOSS——孔子、老子、庄子、墨子接连登场。早在存在主义诞生以前，中国的先哲们就对于世界和人生产生了许多意义深远的终极思考。尤其是老庄哲学中对于生死轮回的看法，更是游戏的核心表达之一——生命不过是在生与死之间周而复始。生与死看似是一对矛盾，实则相辅相成，缺一不可；就如同我们生命中的光与暗、贫穷与富有、欢乐与悲伤，无不在永不停歇的流转变化之中，所以我们理应学会坦然面对，才能获得真正的自洽与满足。
这种轮回与反复的概念，既是游戏剧情本身的设计（比如2B 和9S 在战斗中死去后，意识又会在新的机体上重生），也代表了玩家在这款游戏中的特殊玩法（打完一周目之后，二周目从另一个视角重走相同的剧情），但最根本的哲学内涵，是对于社会建构的价值系统的根本解构。
我们都是社会化的产物，我们的人生总是有各种在我们出生之前就已经被决定好的价值选择：上一个好学校，做一份好工作，在合适的年龄结婚生子……我们被生活环境鼓励着去追求这些东西，却很少停下来想一想：这是不是我想要的，这是不是我的选择。
而当你领悟人的生命不过就是在生与死之间循环往复、周而复始的时候，你会为自身存在之渺小和无意义感到可悲——什么王权富贵，戒律清规，不过都是虚无的所在。但希望正正诞生于这绝望之中：因为生命本身毫无意义，所以你大可不必按照别人所定下来的标准而活，你有完全的自由决定自己的一生应当怎样度过。唯一能够从这痛苦的轮回中解脱出来的方式，正如尼采所说，是「成为你自己」。
在游戏的尾声，一直跟随着人造人作战的两台辅助机在陪伴他们走过这些经历之后，也拥有了自己的意识，决定不再按照既定的程式删除他们的记忆。其中一台辅助机说，「一切事物都是为了被毁灭而设计……他们被困在重复生与死的螺旋之中，但是……在轮回中挣扎，就是活着的意义。」
在最终的结局中，有一个非常有趣的设定：玩家需要杀死这个游戏的「造物主」——也就是游戏制作人员的名单。这个弹幕游戏非常难打，最后会需要其他玩家的帮助——这些帮助都是其他玩家牺牲自己的游戏存档换来的。每当你死了一次，就有一个玩家的游戏存档永远消失。
在你通关了之后，这个残酷的选择也会摆在你面前：你是否愿意用自己的存档去帮助其他玩家通关？如果选择了愿意， 你的所有游戏数据将会一项一项在你眼前被清除得干干净净。
是保存自己几十个小时下来搜集到的所有「物品」和「成就」——这些通常意义下的所谓游戏的价值，还是亲手将这些付之一炬，为另一个玩家保驾护航，自己从头来过，重新面对那些经历和痛苦？
这不仅仅是一份游戏存档的问题。这个选择指向的是人生中最终极的困境：你要服从于那一套社会所建构的意义体系、让那些既定的标准和他人的眼光定义你吗？是的，也许一切不过就是这样而已：玩游戏就是升级打怪，过人生就是升职加薪，虽然没什么意义，但好像一天一天也能这么过下去——是这样的吗？我们生而为人，应该追求的究竟是什么呢？我们能否从无尽的轮回中跳脱出来，就这一生，短短一生，由我自己决定我存在的价值？
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