《虚空之遗》的一大亮点就是阿塔尼斯乘坐的旗舰“亚顿之矛”。可以毫不夸张的说，吉姆•雷诺的休伯利安号和异虫的利维坦在亚顿之矛面前简直渺小得像蚂蚁一样。因为从本质上来说，亚顿之矛的定位并不是战舰，而是方舟。这艘飞船的体积相当庞大，足以容纳下一整个殖民地的人口。飞船内还有一套完整的生态系统和工业流水线，因此可以在没有补给的情况下持续运转数个世纪。而驱动这个庞然大物的，则是一颗人造恒星。整个游戏的战役部分就是以亚顿之矛为核心展开的。
星灵的巨型方舟——亚顿之矛。长度达75千米，相当于220个尼米兹级航空母舰首尾相接
由于亚顿之矛可以容纳各式各样的军队，因此在每次开战前，玩家都可以去装配面板自定义接下来需要使用的部队。从近战战士、远程战士到大型战舰，每一类兵种都提供了三种选择。它们各具特色，也各有所长，玩家可以根据个人喜好或战役特点做出选择。这样的设计给予了充足的选择余地，也为战役中的战斗增加了内涵。
自定义面板，在这里可以自己配置想要的军队
当星灵的部队登陆到星球表面后，停泊在外太空的亚顿之矛依然能为地面提供远程支援。这些支援有的是一些被动技能，比如可以让基地自动采集高能瓦斯。当然，也有可以让玩家自由发挥的主动技能，比如可以直接在视野范围内的任意位置空投水晶塔，还比如可以呼叫亚顿之矛对指定地点进行轨道轰炸。主动技能是需要消耗支援点数的，而支援点数则会随着时间的流逝自动累积。
界面最上方就是亚顿之矛远程支援面板
亚顿之矛的远程支援机能由玩家自己决定。不过只有在战役中搜集到了足够多的太阳能碎片才能解锁更强的技能。部分太阳能碎片会在主线剧情中轻松获得，但更多的需要完成每个战役的次要目标才能得到。这样的设计让游戏的次要目标变得更加有意义，同时也满足了玩家的搜集欲，可以说是一举两得的事情。
远程支援技能可以自定义
在每一关开始之前，玩家可以前往亚顿之矛的舰桥，选择接下来的航行方向。选择不同的航行方向将会进入不同的关卡。这意味着玩家可以在一定程度上自己决定进行关卡的顺序。考虑到前期的关卡每完成一关，就会解锁相应的兵种，因此玩家的选择或多或少都会对之后的战役产生影响。
在舰桥可以自己决定接下来玩哪一个关卡，通常情况下是二选一
例如有一关的地形非常崎岖，只有巨像才能有效打击躲在悬崖峭壁上的敌人。考虑到这一关的主要目的是保护友方单位在前进的过程中不受伤害，因此在仅仅依靠巨像的情况下，很难完成游戏目标。但如果在进行这一关之前已经完成了解锁航母的那个战役，那么这一关就会变得非常简单。
这个关卡如果有航母助阵，就会变得及其简单
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