德雷克船长进入了太平洋，他沿着南美洲西海岸一路向北，然后又航向了菲律宾群岛，穿过了马六甲海峡，开进了印度洋。最终绕过好望角之后，德雷克重新回到了熟悉的大西洋。和发现德雷克海峡的壮举相比，这一段路程就显得相对平淡。不过《神秘海域》的编剧却提出了一个非常有意思的问题：当时任何一个经验丰富的船长穿越马六甲海峡都不可能消耗超过一个月的时间。然而史料却显示德雷克在这段路程上用了半年——这究竟是怎么回事呢？
德雷克船长悄悄跑去了阿拉伯半岛执行女王的秘密任务
《神秘海域3》的解释则是这段时间德雷克船长跑去阿拉伯半岛执行英国女王的秘密任务了，而这个任务则是寻找“千柱之城”乌巴尔（又称沙漠中的亚特兰蒂斯）。这座沙漠中的古城据说始建于公元前3000年，在漫长的时间中逐渐发展出了远超今天的科技和文明。但是到公元1世纪的时候宛如人间蒸发般突然神秘消失了。
德雷克船长成功找到了这座失落的古城，但同时也发现了它衰落的原因。这座沙漠之城的繁荣依赖于充沛的地下水供应，可是水源却受到了严重污染。喝了这些水的人就会陷入严重的迷幻状态。而造成污染的根源则是一个沉入了地下湖底的神秘罐子。可以想象，在德雷克船长那个时代，谁得到了这个罐子，谁就拥有了足以征服世界的强大力量。
内森来到千柱之城还不到一小时，就弄塌了这座古城
于是为了守护世界和平，德雷克船长决定让这个秘密永远埋藏在沙漠当中。他伪造了航海记录，并向王室谎称没有发现传说中的古城。不过，英国皇室并没有就此死心，他们成立了一个专门调查千柱之城的秘密组织，并持续寻找了四个多世纪——然后内森•德雷克抵达千柱之城不到一个小时，就把那里彻底弄塌了……
言归正传，1580年德雷克回到英国的时候已经变成了英国的民族英雄。他的船队完成了人类历史上继麦哲伦之后的第二次环球航行，而德雷克本人则成为了第一个绕地球一圈的航海家（麦哲伦在半路上被菲律宾土著杀了）。他不但带回来了数不清的金银财宝，更重要的是为英国开辟了新航路，由此开始英国的航海事业迅速崛起。
伊丽莎白一世
为了表彰德雷克的航海功绩，伊丽莎白女王亲自登船将德雷克封为皇家爵士。至此，德雷克船长作为探险家的生涯就暂时告一段落了——因为接下来他将以拯救国家民族于危难之间的军事家身份，再次登上历史的舞台。
1585年英西战争爆发，为了支援祖国抗击西班牙的斗争，德雷克带领船队前往西印度群岛加强了对西班牙商船的劫掠。但是在正面战场上，由于英国海军十分弱小，一直处于非常被动的局面。到了1587年的时候，西班牙已经开始着手准备对英国发动登陆作战了。
在这危急关头，德雷克从美洲带了25艘海盗船悄悄回到欧洲。他先沿着西班牙海岸消灭了36艘西班牙补给舰，然后突然冲进加的斯港击沉了33艘西班牙战舰，接着又突袭至里斯本附近海域引发敌方严重混乱，最后还攻陷了葡萄牙最南端的圣维森特角要塞，扼住了进入地中海的咽喉。在回英国路上，德雷克还顺便打劫了西班牙国王的私人运宝船。这一系列行动让西班牙遭受了严重损失，入侵英格兰的计划不得不往后拖了一年。
这幅画的名字叫《弗朗西斯·德雷克爵士领导突袭》
1588年7月，由130多艘战舰组成的西班牙“无敌舰队”在英吉利海峡布开了阵型。而英国方面只有三十多艘艘皇家海军的战舰和德雷克率领的三十多艘海盗船。虽然双方实力极为悬殊，但是德雷克还是在战斗开始后不久就敏锐地发现了敌方战术的致命弱点。
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