由于TV动画在当时并未被列入DC漫画正统剧情，而《The Batman Adventures: Mad Love》也只是一部继承动画世界观的独立漫画。因此事实上，哈莉·奎恩在DC主宇宙中的故事直到1999年8月的个人漫画特刊——《蝙蝠侠：哈莉·奎恩》才正式开始。
由TV动画所带动的加成效应并未持续太长时间，在DC漫画重启之前，哈莉·奎恩的漫画人气一直不温不火，很多读者对她的印象依然停留在“小丑的得力助手与女友”。然而事实上，在早期哈莉·奎恩的个人故事中，小丑便曾企图杀死哈莉（具体的方法是用一只火箭将哈莉送上了天……这个设定甚至一直沿用至今），并最终导致了二人的决裂。从2000年到2003年的《哈莉·奎恩》个人刊中，哈莉早已离开了小丑，以个人身份进行着冒险：
N52之前哈莉的形象还是基本沿用了动画版的造型
被小丑重伤之后，哈莉侥幸遇到了毒藤女艾薇，后者倾其之力救了哈莉一命，并在此后与哈莉共同行动。二人在此期间发展了一段难得的姐（bai）妹（he）情谊，两位佳丽的互动让哈莉·奎恩与毒藤女艾薇的暧昧姬情为漫画粉丝们津津乐道。而本着官方逼死同人的原则，DC也毫不吝啬在故事中为她们频频发糖。这段时间的故事风格普遍轻松愉快，哈莉也处处体现着现代年轻女性的活泼与俏皮，但在系列的结尾，哈莉重新回到了阿克汉姆，我们却能从中看到哈莉·奎恩内心身处的纠葛与挣扎，她在理智与疯狂之间反复无常，始终难以摆脱小丑的影响。
在此之后，DC还发行了以哈莉、毒藤女、猫女为主角的《哥谭魅影》（目前已经确定了电影改编计划），故事进一步加深了“哥谭闺蜜团”的感情，并对哈莉·奎恩的背景设定进行了补完：哈莉的父亲是个骗徒，哥哥是个不学无术的小混混，哈莉之所以去学习心理学也是受到家庭背景的刺激。
鉴于电影版《自杀小队》中哈莉的极高人气，《哥谭魅影》的改编工作也提上了日程
2011年，DC漫画通过大事件“闪点悖论”进行了重启，DC漫画正式进入N52时期。此时，哈莉·奎恩的命运也迎来了转折：哈莉爱上小丑的契机是因为小丑切下了哈莉杀父仇人的手指；外表造型也从小丑帽底下的一头金发变为了红蓝两色的双马尾（也有些时候是包子头），而其惨白的皮肤则是因为被小丑踢进了化工池。虽然故事中的哈莉·奎恩似乎还对小丑留有感情，但在个人漫画初章，哈莉就已经用“旧爱”来形容小丑了。同时，在《蝙蝠侠 灭族之灾》中，小丑的病态心理进一步恶化（著名的割脸皮事件），哈莉也不得不承认——“他变了，蝙蝠，他不再是我的J先生了。”
哈莉的伤心不难理解，毕竟N52之后的小丑基本上已经不怎么像人了……
2013年6月，哈莉迎来了全新的个人刊，新刊延续了原有的起源设定，但在编剧风格上却发生了有趣的变化。此时的漫画编剧似乎有意识将哈莉塑造为类似隔壁死侍的搞怪形象，她依然有严重的暴力倾向，但大多却是一根筋式的惩恶扬善；她行事不计后果，我行我素，却仍对弱势群体和小动物们呵护有加。
哈莉与毒藤女……这让宅男读者怎么遭得住啊……
新故事中，哈莉成为了一栋公寓的房东，公寓里则居住着各路奇人怪咖。在充满了喧嚣与嘈杂的日常冒险中，除了与“官配”毒藤女时常秀秀小恩爱以外，哈莉还结识了她的新姬友——意外坠落至地球的失忆少女“神力女孩”（主世界的超级少女的异时空同位体），疯狂与超能的奇妙搭配让哈莉的冒险传奇进一步升级，在某次危机中，为了从某个平行宇宙返回地球，哈莉甚至用“无限指环”杀死了该宇宙的万物主宰“面霸”（这里黑了谁就不用指明了吧……）。
被哈莉秒杀的“面霸”
此时的哈莉·奎恩仿佛是游离出了DC宇宙，纵使蝙蝠侠与小丑杀个你死我活，正义联盟一次又一拯救世界于水火。哈莉也只是在自己小小的个人世界里享受着单纯的喜怒哀乐，然而，为了充分利用角色人气，除了在个人刊中嬉笑怒骂以外，哈莉依然需要在DC人气天团“自杀小队”里频繁出场。不过至少在笔者看来，虽然编剧与画师尽量还原了哈莉·奎恩落拓不羁的角色性格，可一旦掺上了DC主世界观的现实色彩，这个疯癫古怪的丫头似乎总在其中显得有些格格不入。
哈莉在自杀小队中也是出尽了风头……毕竟人气就是战力
总而言之，N52中的《哈莉·奎恩》个人刊成为了无厘头剧情的大合集。各种异想天开的冒险、突破次元墙的对话、吐槽都让哈莉在残酷的黑暗英雄世界中成为了一抹轻佻靓丽的彩虹。奇妙的反差效应让哈莉·奎恩人气飙升，单刊销量也频频杀入销量榜前沿。
为了趁热打铁，从各种变体封面到节日特刊，DC官方总会邀请各路名家画师为哈莉·奎恩定制封面，近年来，哈莉的亮相频率甚至丝毫不会逊色于蝙蝠侠，由此可见DC漫画对于该形象的重视。尽管大多数人认为正联三巨头之一的神奇女侠理应成为DC漫画的当家花旦，可从各方面看来，哈莉奎恩才更像是他们的亲女儿。
