艾利克斯是名退伍士兵，他因受伤在医院治疗多年。康复之后，艾利克斯想回到自己的家乡，但他归乡的路程注定充满波折。
他首先在医院里饱受噩梦折磨，醒来之后发现已经到达了家乡所在的小镇。接着他发现家里只有精神不正常的母亲，而父亲和弟弟约书亚统统下落不明。
肩负长子、兄长责任的艾利克斯开始调查，他发现小镇早已荒废，居民大多失踪。他遇见儿时的玩伴艾尔并得到她的协助，随着调查的深入，真像慢慢浮出水面。
原来背后的始作俑者是神秘的教团组织，他们的目的是通过献祭活人的方式平息所谓“神怒”，避免小镇被夷为平地。组织的成员有镇长、法官，以及艾利克斯的父亲。
一番波折之后，艾利克斯发现了自己的身份，他正视了自己过去，也原谅了父亲、母亲，最后选择与艾尔神情相拥……
这当然是个gooding Ending，其他bad Ending各有各的不幸。排除UFO这个制作组自我调侃的结局，串联起各个结局的人物是弟弟约书亚。
无论约书亚真实存在与否，他一直是艾利克斯的心头刺。约书亚聪明可爱、懂事听话，自然集父母的万千宠爱于一身。
这是艾利克斯梦寐以求的，更是他永远也得不到的。
和约书亚相比，艾利克斯无论如何努力，都得不到父母的喜欢，他一直觉得父母视他为多余的人：从没玩过好玩具、也没穿过新衣服，甚至在自己入伍当天，父母都没有在车站露面。
这是艾利克斯“拯救”约书亚的动机——通过拯救弟弟，弥补长期缺失的家庭成员认同感。
同时也是艾利克斯的义务——作为兄长，约书亚一直很崇拜他。
这当中有多少艾利克斯自己臆想的成分？
无关紧要。重要的是约书亚的形象，是艾利克斯内心饱受折磨的体现。
这一切源自父母对于艾利克斯长期的精神虐待，也是艾利克斯挥之不去的梦魇。
我们知道父母是出于保护的目的，才故意远离艾利克斯，但这个理由是如此不堪一击。年少的艾利克斯也许不懂“神怒”的恐怖后果，但他懂得并有权利享受父母的爱。
何况在最艰难的时刻，更应该让孩子感受来自家庭的温暖，既然父母的爱不能常伴左右，才更应该在此刻毫不吝惜的全部付出。
而父母的一句“都是为你好，只是你不明白！”其实是最无能的表现。这种行为的实质，是将“神怒”的恐怖、自己无法改变现状的焦虑，统统扔给艾利克斯，让他作为出气筒并独自承受。
试问所谓的保护，要以残害孩子的心灵为代价，那这种保护的意义何在？
艾利克斯是不幸的，本来最为亲密的家庭成员，却给他最为猛烈的伤害。约书亚和父母的化学作用反复折磨着他，肮脏恶心的里世界，便是艾利克斯分裂混乱的心内世界。
心头之刺是要被拔出的，所以约书亚扭曲的形象作为最终boss出现。
脑中梦魇也是要被祛除的，所以“是否原谅父母”，成为Gooding Eding的先决条件。
最后的击败其实是拯救，拯救的不仅是约书亚还有自己的内心。
最后的原谅其实是宽恕，宽恕的不仅是父母还有曾经冷漠的世界。
也只有这样做，才能回到真正的家乡。
游戏中著名的小姐姐很多，出名的小妹妹只有一个。
其实也不止一个，而是一群——许多被野心家利用，负责在尸体上采集ADAM的little sisiter们。
在《生化奇兵》的世界里，ADAM是种让人具备神奇本领的物质。它最早由特内波姆博士在海蜗牛身上发现。为了量产，特内波姆求助于销魂城的2号人物：弗兰克方汀。
方汀有着取代1号人物安德鲁·雷恩的野心，他想利用ADAM作为篡位的有力筹码。他建立了臭名昭著的方汀研究所，吸收特内波姆与易苏崇一起进行ADAM的研究。
研究的结果，是将海蜗牛植入小孩子胃里，就可以实现ADAM产出的最大化。
为了达到这个目的，方汀以孤儿院为掩护，对无数孤儿小妹妹事实绑架（小女孩更容易管教）。随着销魂城内战的爆发，ADAM也越来越不够用，到了后期方汀开始直接绑架市民们的女儿。
成为寄生体只是小妹妹悲剧的开始，更加惨绝人寰的手段将实施在她们身上。她们被实施精神控制，只会永无休止的在尸体上采集ADAM。
