时隔3个月后，《穿越火线》又一重大版本“生化来袭”出现在玩家们的视野，自此，玩家们分出了一大分支——“生化”玩家。早期的生化模式玩法非常单纯，只有感染模式，玩家们也都在“兢兢业业”的按照设计好的思路进行游戏，生化沙漠大家齐聚B点平台，人手一把“疯狗（M60）”，轮流换弹守住生化幽灵；而僵尸们则采用背身跳跃等技巧减少击退效果往上冲。生化沙漠的A门拐角与平台、B点平台、中路高台；生化金字塔的铁笼子、小平台，所有人采用叠罗汉的方式越爬越高。
当年盛行一时的“堵笼子”打法，比较看运气与配合(此图为救世主模式)
不过，渐渐的一些玩家不再拘泥于传统的玩法，开始尝试一些其他的获胜方式，比如在生化幽灵出现倒计时结束时丢一个闪光弹，增加别人被抓的几率；或者直接换成近战武器与生化幽灵们玩跑酷。在这两种玩法的加持下，地形更立体更复杂的地图——生化金字塔开始脱颖而出，成为了生化地图的“一哥”。早期生化模式留给CF玩家的印象是难以磨灭的，在之后的版本中，无论是救世主模式还是终结者模式（均为早期生化模式的升级版），都难以替代早期生化玩法的位置。
金字塔立体的地形结构非常适合跑酷
2010年更新的“幽灵模式”也是不少玩家们青睐的玩法之一。与生化模式如出一辙，幽灵模式在经历了初期玩法后也衍生出全新的玩法，比如“鬼跳”。这种来自民间大神创造的身法不但能快速移动没有声音，还能让幽灵一方保持隐身状态。鬼跳的出现，让很多自制规则诞生，玩家们开始用约定俗成的玩法重新游戏。全部使用消音武器的“呼吸房”，“保卫者只能用狙击枪，幽灵不可以隐身”等等有趣的玩法让幽灵模式达到了与生化比肩的高度。
玩家们自发的为幽灵模式拓展出了多种玩法
在这些版本迭代的过程中，除了玩法与地图等给玩家们留下了深刻的回忆之外，一批武器也是让玩家们又爱又恨。永远比普通军用铁锹还要便宜的“军用铁锹-red”；穿透强，后座力小，射速快，能锤爆RMB武器的，使用者甚至被戏称为“94狗”的AN94；按住左键不撒手，刀战无解的马来剑，几乎每一年，每一个版本都有能给玩家们留下深刻印象的东西。
AN94曾一度成为玩家们口中的“禁枪”，被技术党所不耻
不知不觉间，《穿越火线》逐渐的从“萌芽”状态当中走出来，走上了正式轨道，并逐渐的开始成长。在玩法日趋成熟之后，游戏开始着手系统的优化。
就如上述所说，早期的《穿越火线》就像其他的游戏一样，面临着各种各样的问题，首当其冲的就是外挂。FPS游戏本就是外挂的重灾区，本地存储数据的游戏结构使得制作外挂的成本低的可怜。你很难找到一款竞技类射击游戏完全没有外挂，《穿越火线》的早期，也曾经外挂横行。
随着TP系统的不断升级，疯狂的外挂得到了有效的遏制，并且随着对于外挂使用者封禁力度的增加，选择用外挂玩游戏的玩家也越来越少。动辄一年或者永久封禁使得作弊的成本不断升高，从侧面上逐渐减少外挂的出现。在加上CF2.0大版本更新后推出了“神盾系统”，可以从更深层次的系统文件进行外挂的监控，外挂几乎销声匿迹。当然，游戏的举报系统也为减少外挂立下了不少功劳，只要是怀疑对方是外挂，举报之后会在一定的期限内收到反馈，看着作弊者被封号，被外挂吊打的委屈自然也就一扫而空了。
虽然不能直接揍一顿开挂的人，但举报封掉他们的账号也让玩家们出了一口恶气
