1480年,在途径佛利的港口时,艾吉奥邂逅了佛利的女强人卡特琳娜,并在卡特琳娜心中留下了不错的印象,也是在卡特琳娜的帮助下,艾吉奥与好友达芬奇才得以共同前往威尼斯。
水城的景色让人心旷神怡,但在这平静的景色下却似乎笼罩着一些难以察觉的阴影。艾吉奥救下了一个偷了他的钱包同时还被圣殿骑士追杀着的女盗贼,由此结识了当地的盗贼组织,也是在盗贼组织的帮助下,艾吉奥成功找到并击杀了他的目标,而他也因此洞悉了圣殿骑士刺杀总督的阴谋。
1485年的一个夜里,利用好友达芬奇发明的飞行器,艾吉奥借助一路上盟友点燃火炬烧起的热浪飞入了戒备森严的总督府,可是终究晚了一步,他击杀了圣殿骑士,却没能阻止总督喝下已经被下了毒的酒,总督就这样在艾吉奥的面前倒下。死人是不会讲话的,更不会解释,艾吉奥作为在场的外人,自然成了刺杀总督的罪犯,受到了全威尼斯的通缉,无奈之下,艾吉奥只能选择离开威尼斯暂避风头。
一年之后,威尼斯的狂欢节到来了,这个全民都要带着面具狂欢的节日让艾吉奥有了新的机会,而达芬奇却告诉了艾吉奥另外一个消息:他的初恋克里斯蒂娜与她的丈夫曼弗雷多也来参加狂欢节了。
在茫茫人海中,艾吉奥找到了克里斯蒂娜,而面具的存在让克里斯蒂娜把艾吉奥当成了曼弗雷多,热吻过后,克里斯蒂娜发现了艾吉奥的真实身份,她立刻愤怒地大吼起来。是的,她没有因为再遇上艾吉奥而开心,因为不知不觉间,离上一次的分别已经过去了八年,也许八年前的克里斯蒂娜是毫无顾虑的爱着艾吉奥的,但是一切都晚了,如今她已经与曼弗雷多做了八年的夫妻,她与艾吉奥已经没有可能了。
与克里斯蒂娜分开,艾吉奥已不再是曾经那个容易被感情左右的年轻人,短暂调整后,他参加了狂欢节的比赛,处理掉了一个个的暗箱操作,并获得了拥有参加新任总督私人宴会资格的黄金面具,最后在礼炮声的掩护下用袖枪击杀了新任总督。
一次又一次的击杀,一次又一次的调查,终于,艾吉奥找到了毁灭他家族的幕后主使——罗德里格。罗德里格的计划是获得伊甸碎片金苹果,而艾吉奥的家族不过是他计划中众多的牺牲品之一罢了,只是,能为复仇而找到他面前的只有艾吉奥一个人。
真正的仇人就在面前,多年的恩怨终于能做个了断,可是却有一群圣殿骑士挡在了他的面前。正当双拳难敌四手之时,他的叔叔马里奥,曾教会他生存的保拉,还有他曾经帮助过的盗贼公会与佣兵团的人一同出现,众人一同击退了圣殿骑士。
原来,这些人都是刺客,他们一直在引导艾吉奥,而艾吉奥却也恰好在复仇的路上完成着刺客组织的目标。在刺客与圣殿骑士的阵营中一直有着先知的传说,传说只有先知才能打开伊甸苹果,罗德里格认为先知就是他自己,而实际上,艾吉奥才是先知。
人数的压制带来的是理所应当的胜利,遗憾的是艾吉奥未能成功的击杀罗德里格,取而代之的是,他得到了罗德里格梦寐以求的伊甸苹果。
经此一事,艾吉奥真正加入了刺客组织,“当其他人盲目地追求真理时,要记住……”“万物皆虚”“当其他人被道德或法律限制时,要记住……”“万事皆允”“我们躬耕于黑暗,服务于光明,我们是刺客”应该说,艾吉奥是从这一天起才知道刺客的信条,然而在这一天之前的岁月里,他却也一直没有违背过这个信条,也许,他才是真正适合做刺客大师的人。
正式加入组织后,艾吉奥开始考虑伊甸苹果的去处,它的力量会让人发狂,所以他不能让苹果落入别人的手中,思索再三,他决定把苹果存放在佛利,佛利的城墙可以很好地保护它。
一行人来到佛利,艾吉奥又见到有过一面之缘的佛利女主人卡特琳娜,道明来意,卡特琳娜欣然同意,然而却不想佛利遭到了围攻,众人推测到这是罗德里格搞的鬼,开始清理佛利城,一行刺客的加入让战局迅速发生扭转,佛利城的局势很快被控制住,而卡特琳娜却发现自己的孩子还在外边不知下落。
艾吉奥毫不犹豫地决定出去救回卡特琳娜的孩子,以防万一,他将苹果交给了卡特琳娜,他的信任与帮助让卡特琳娜感动不已。然而谁也没有算到,这是一个圈套,孩子只是一个诱饵,对方真正的目的是引开艾吉奥然后抢夺苹果,结果可想而知,当艾吉奥成功救回孩子后,看到的是失魂落魄,为丢失苹果懊悔不已的卡特琳娜。
艾吉奥没有怪她,而是立刻动身追击抢走苹果的奇可·欧西,一番追逐,纵然有一路士兵的干扰,艾吉奥还是追上了他,夺回了苹果,却因一瞬间的大意被临死前的奇可偷袭刺中了右腹。受伤脱力的艾吉奥倒在了地上,朦胧间只看见一个人身穿修道院的衣服,还有一只缺了尾指的手,那只手拿走了苹果,但他无力阻止。
而后,在卡特琳娜关切的目光中醒来,艾吉奥已然身在佛利的阁楼中,他不清楚发生了什么,但他必须找回苹果。以修道服与缺失了尾指的手为线索展开调查,一番波折后,艾吉奥终于知道了拿走苹果的人叫萨佛纳罗拉,而那个人现在已经去往了佛罗伦萨。
1497年,再次回到佛罗伦萨,这里已经成了一座被苹果腐化的城市,统治者洛伦佐被迫害,整个城市都已被萨佛纳罗拉所支配。在这里,艾吉奥又一次见到了克里斯蒂娜,但这是最后一次。
艾吉奥先是发现了濒死的曼弗雷多,从曼弗雷多口中得知了克里斯蒂娜已经逃走,现在正在被萨佛纳罗拉的狂热信徒追杀。艾吉奥拼命追逐,却终究还是晚了一步,他杀掉了所有的信徒,克里斯蒂娜却也受了致命伤。
弥留之际,克里斯蒂娜拿出了22年前艾吉奥送给她的冠形挂饰,道出了自己希望能与艾吉奥有第二次机会的心意,时隔多年,她还爱着他,可是,一切都已经太迟了,艾吉奥只能眼睁睁的看着克里斯蒂娜带着遗憾在自己的怀中香消玉殒。如果当年的那场剧变没有发生,如果一开始克里斯蒂娜与艾吉奥一起离开,如果第二次重逢艾吉奥能下定决心将克里斯蒂娜带走,或许两人面对的就会是另一番结局,只可惜,没有如果。
艾吉奥还沉浸在克里斯蒂娜的死去的悲伤中,可是刺客的责任却让他必须忘却悲伤,拯救这座被支配的城市。而后艾吉奥先后刺杀了萨佛纳罗拉的9个副官,又从他身上夺回了苹果,人民终于脱离了苹果的控制,愤怒的他们决定将萨佛纳罗拉活活烧死,最后还是艾吉奥心生仁慈,在萨佛纳罗斯被火烧到之前结束了他的生命。
“十二年前,我站在这里,看着我所爱的人死去,被我视为朋友的人所背叛。我满脑子都想要复仇,若不是因为一些人的指点,我早就被仇恨淹没了。他们教我不要受情感左右,他们从不强迫我接受答案,而是引导我从自己身上学习……”
“我们不需要别人来告诉我们该做什么。不需要萨佛纳罗拉,不需要美第奇家族,我们可以走自己的道路。有些人会夺走我们的自由,而你们之中有太多人乐于放弃自由。但是选择是我们的能力,你选择要相信什么,是选择的能力让我们成为人……”
“任何书籍或教师都不能给你答案,或是指明你的道路。选择你自己的道路!不要盲从我,或是盲从其他人。”这是艾吉奥在处死萨佛纳罗拉后所作的演讲,他的话打动了在场的每一个人,一代宗师之风已然显露。
结束了佛罗伦萨的混乱,艾吉奥和众刺客返回蒙泰利吉欧尼,破解了密函的内容,众人得知,宝库就在梵蒂冈的地下,而宝库的钥匙有两个,一个是艾吉奥手中的苹果,另一个则是教皇的令牌,而此时梵蒂冈的教皇正是罗德里格。得知了这些,艾吉奥开始动身前往梵蒂冈,是时候为一切做个了结了。
艾吉奥一路杀入梵蒂冈的内部,罗德里格用教皇令牌权杖的力量让场中所有的人都陷入了昏迷,而艾吉奥因为手持苹果,没有受到任何影响,他也激活了苹果,召唤出了自己的幻象干扰罗德里格,激斗良久,幻象被耗尽的艾吉奥终究被罗德里格掀倒在地,罗德里格夺走了苹果,将其与权杖合为一体,然后一刀刺在了艾吉奥的左腹,独自进入了密室。
然而,艾吉奥没有死,他勉强站了起来,也走进了密室,在密室中央,罗德里格将权杖插在地面的凹槽中,却没有任何事发生。“结束了,罗德里格。”艾吉奥走向罗德里格,一边走一边将自己身上的武器扔在一旁,“没有伎俩了,没有古代神器了,没有武器了,我们来看看你有什么能耐,老头。”
就这样,艾吉奥空着手与罗德里格展开了最后的决斗,一拳接一拳,拳拳到肉,这样的报复似乎比袖剑的处决更加实际的多,不知打了多少拳,罗德里格终于再也没了反抗的力气,他请求艾吉奥结束他的生命,但艾吉奥拒绝了。艾吉奥突然醒悟了复仇的无用,刺客的责任告诉他,他要做的是创造自由,而不是制造混乱,罗德里格的阴谋已然被制止,再杀掉他又不会让自己的亲人复活,而且身为教皇的他如果丧命只会徒增混乱,于是,艾吉奥选择了放过他。
作为真正的先知,当艾吉奥触碰到权杖时,密室开始有了反应,一道门缓缓张开,然而,里边有的不是所谓的神,只有一个自称密涅瓦的人型全息图,密涅瓦说着一些艾吉奥无法理解的东西,最后还叫出了戴斯蒙的名字。这一切艾吉奥无法理解,只能带着疑惑离开梵蒂冈。