这是一个男人能想象到的，最浪漫的一生
1500年，艾吉奥回到蒙泰利吉欧尼，向刺客组织的人讲述了罗马发生的事情，马基雅维利对艾吉奥没有杀死罗德里格感到失望，并准备去完成这份艾吉奥未完成的工作，但艾吉奥毫不在意。恰逢卡特琳娜来到蒙泰利吉欧尼想要雇佣这里的佣兵，于是，两人相聚，度过了一个难忘的夜晚。
艾吉奥与卡特琳娜，两人的关系很微妙，算不上是恋人，更多的还是各持所需的伙伴，可能是因为初恋的克里斯蒂娜在艾吉奥心中的位置太重要，让他难以释怀；也可能这单纯是老色鬼闲不住的表现。
享受的时间总是短暂的，第二天一早，艾吉奥被炮火声惊醒，仓促之间，他甚至没来得及穿上刺客服便出来迎战。来的人是罗德里格的儿子西泽尔，他是瞒着父亲来找艾吉奥复仇的。西泽尔的事先放在一边，艾吉奥要做的最关键的事是为城中市民的逃生争取时间。
然而战争的代价是惨痛的，这一战，马里奥被杀，卡特琳娜被抓，艾吉奥中了枪，金苹果也被抢走。为抢回苹果，艾吉奥马不停蹄的赶往罗马，却因伤势过重昏倒在了路上，所幸半路上马基雅维利救了他，将他带到了罗马。
伤愈后，艾吉奥开始与马基雅维利计划对波奇亚家族发动进攻，艾吉奥先是潜入圣天使堡救出了卡特琳娜，而后开始袭击波奇亚阵营的哨塔。在这过程中，艾吉奥更是意识到了群众的重要性，于是他开始组建兄弟会，接纳受压迫的群众，并将他们训练为刺客。
艾吉奥的种种成就在刺客组织的发展壮大中功不可没，于是马基雅维利将刺客导师的头衔授予了艾吉奥。
1503年，波奇亚家族父子相争，罗德里格在食物中下毒企图毒死儿子西泽尔，然而走漏了消息，西泽尔得知后反过来毒死了罗德里格，他原以为父亲死去后他就可以安心地享受波奇亚家族的财产，却没有想到罗德里格的死也让他失去了教皇的儿子这一身份，失去了教廷的保护，西泽尔被下一任教皇逮捕了。
波奇亚家族已然没了势力，而艾吉奥也拿回了伊甸苹果，并在伊甸苹果的指引下将其藏在了罗马斗兽场地下的神殿中，等待后人的发现。
在这期间，西泽尔从监狱中脱逃，艾吉奥知道后立刻开始追杀西泽尔，并在西班牙维安纳的战场找到了他。在城楼上，两人展开了最后的对决，即使中途不断有西泽尔的士兵来干扰艾吉奥，最终艾吉奥还是击败了西泽尔。弥留之际，西泽尔依然叫嚣着说自己会带领人类进入一个新时代，人类是无法杀死他的，“那就让命运来决定吧。”艾吉奥抓起西泽尔将他的身体伸出城墙外，然后松开了双手。
至此，波奇亚家族的余党也已清理干净，艾吉奥也得以专心发展兄弟会的事业，短短数年内，刺客组织便已在意大利稳固发展，甚至有了不亚于圣殿骑士的势力，如果说是前辈阿泰尔让刺客组织走上了正确的道路，那么艾吉奥就是让已经衰败的刺客组织重新发展壮大，这样的功绩，当得起刺客大师的称号。
