杰克在计划泡汤之后,并没有一蹶不振,他动身前往Elpis卫星,从秘藏中获取了大量有关外星人的知识,以及潘多拉星球上的镒矿分布图。莉莉丝在得知了杰克的新计划后再次行动,亲自摧毁了月球上的秘藏,并出手攻击了杰克。不过,莉莉丝低估了杰克的野心,没有选择当场击毙他,为二代的悲剧埋下了祸根。
莉莉丝与罗兰回到潘多拉后,开始抵抗杰克率领的亥伯龙公司。在一代的设定中,罗兰是赤矛部队中的一名干将,他在魔女斯蒂尔被杀之后,凭过去的威望集结了部分赤矛成员,组建了一支用于对抗亥伯龙公司的猩红突袭者。而莉莉丝利用潘多拉星球蕴藏的镒矿,增强了自身的能量,同样也是用来对抗亥伯龙公司。
杰克在回到潘多拉星球后,将亥伯龙公司的老总取而代之,并彻底掌控了整个潘多拉星球。在二代的剧情中,杰克本想招徕几名秘藏猎人来对付猩红突袭者,但因莫名其妙的炸火车事件,让这批秘藏猎人投身到了罗兰率领的猩红突袭者。亥伯龙公司在这段时间里也没闲着,他们依旧在集结力量,企图消灭星球上所有的反抗势力。
在亥伯龙公司袭击猩红突袭者基地的一次行动中,莉莉丝、罗兰、布里克与莫德凯四位初代秘藏猎人没能抵御住强大的攻势,转投到了一处避难所。在这次事件之后,罗兰选择了与莉莉分手,将所有的精力专注于发展猩红突袭者,招纳更多的新生力量来对抗亥伯龙公司,但莉莉丝却依然爱着他。
当罗兰在Bloodshots基地被捕之后,莉莉丝临时担任猩红突袭者的领袖,她与秘藏猎人一起经历一番恶战之后,成功救回了罗兰。在这之后,初代的安吉尔再次出现,在后续赶火车的剧情中,又一次欺骗了众人,她派遣主角将动力核心带回避难所,但这一举动导致了避难所的防御护盾失效。
而此时,避难所遭到了亥伯龙的入侵,莉莉丝不得不用大量的镒矿强化自己,随后利用相位技能将避难所转移,躲掉了亥伯龙公司的毁灭性攻击。在这期间,由于安吉尔实在无法忍受父亲杰克对她的长期折磨,用魔女的力量引导莉莉丝,罗兰与秘藏猎人们前往自己的藏身处。当他们到达安吉尔的所在的房间后,莉莉丝现身摧毁了镒元素注射器。
罗兰本以为事情告一段落,在他放松警惕转身的时机,杰克突然出现,并开枪击穿了罗兰的心脏。莉莉丝亲眼目睹了罗兰的死亡,转身愤怒地向杰克攻去,但这恰好落入了杰克设下的圈套,他用一种神秘的装置控制住了莉莉丝。就在杰克强迫莉莉丝杀死秘藏猎人时,莉莉丝舍命将秘藏猎人传送回了避难所。
在秘藏猎人搜救莉莉丝期间,杰克一直在用莉莉丝的魔女力量为秘藏钥匙充能,同时派出了亥伯龙的部队阻击秘藏猎人。不过,杰克低估了秘藏猎人的能力,难以抵挡其摧枯拉朽的攻势,最终被秘藏猎人们击毙。莉莉丝在获救之后,为了潘多拉星球的和平决定摧毁秘藏钥匙,但她在无意间开启了宇宙各个区域的秘藏地点。
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