靠一系列相对随机、相对自由的战斗任务来推进剧情是《幽浮》系列的老规矩，这次也不例外。在教程任务过去以后，每个玩家随后的通关历程都会有所不同。只除了在关键节点上的一些特殊任务以外，每一个玩家的通关流程都不大可能完全一样。总体看来，随机任务的种类要比前作有所增加（包括劫掠外星人的列车以及暗杀或抓捕VIP等），剧情任务的紧凑程度也比前作有所提高。
随机展开的任务会让每个人的通关历程都不一样
总体来说，这部分内容与前作的格局比较相似。最显著的变化和改进主要体现在战略层面。首先，就是游戏的总体战略布局要比前作更加复杂，前作列表式的地区系统现在有了更多的地理意义，区域间的联系也比前作更加紧密。具体表现就是，你只能从一个区域联系到另一个区域，比如你如果在印度开局，就只能先从南亚一点一点的向外发展，先联络东亚和西亚的反抗军，一点点的向欧洲和东南亚扩展反抗军的活动范围，每向外扩张一步都要付出一定的代价，但也同时意味着我们的活动范围与可能取得的任务在不断增加。
世界各地都有人类自发的抵抗运动，XCOM的重要任务之一就是和他们取得联系
由于有些关键任务的地点可能会出现在你的活动范围之外，而且已经控制的领土也能进行一定程度的升级建设。这就要求我们在扩张之前做好充分的准备，把有限的资源花在关键的方面。攻击飞碟也依然是战斗的一部分，不过由于地球已经被外星人占领，复仇者号又不是严格意义上的战舰，我们已经不能像前作那样指挥全球空军拦截不明飞行物，在更多的时候其实是躲避追击我们的UFO。
着陆的UFO，和前作一样，捕获一艘这样的东西能给我们带来巨大的好处
与此同时，游戏来自战略层面的压力也要比前作更大。在《幽浮：内部敌人》中，我们只要不失去所有加盟国家的支持，游戏就可以通关，但在本作中，我们则必须阻止外星人完成他们的“化身计划”。在这个背景下，我们的反抗行动与外星人的研究行动就像是在进行一场紧张的赛跑，既要比拼速度，也要互相破坏。反抗军方面可以通过各种手段来获取外星人研究设施的信息，进而将其消灭，以此延缓敌人计划的进行；外星人方面也会通过各种方式来组织反抗军的扩张。
黑暗事件系统是外星人镇压行动带来的DEBUFF，我们可以通过达成一定条件来解除
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