与弗吉同行的研究员艾伦·安德斯（Ellen Anders，哈尔西博士的学生，IQ 180的天才，丰饶星战役前夕在大学里讲授外星生物学）在遗迹中激活了一张星图，由于该遗迹就被随后赶到的星盟部队摧毁，他们没能获得更多的信息，不过这些信息还是足以让他们确定，星盟的下一个目标是阿卡迪亚。
这是一场发生在丰饶星战役末期的小冲突，当时并没有多少人能够理解其背后有多么重大的意义。如果当时的UNSC能够意识到火灵号所调查的秘密具有怎样的价值，肯定不会让这艘战舰孤军深入。此时的丰饶星已经基本被UNSC全部夺回，太空中来自星盟的威胁也暂时消除。火灵号随后脱离了舰队，前往阿卡迪亚。
等火灵号赶到阿卡迪亚时发现，UNSC驻扎在此地的太空武力已经崩溃，而星盟正在对整个星球展开登陆作战。火灵号立刻进入阿卡迪亚轨道，并派出了地面部队协助了市民的疏散工作。在这里，他们与将在星盟战争中成为传奇的秋风之柱号并肩作战。斯巴达红队成员此时也在星球表面与星盟激战，双方最终合兵一处，在城市外围构筑起了一道防线。
星盟攻击阿卡迪亚的目的依然是其上隐藏着的先行者遗迹，因此并没有对阿卡迪亚上的其他人类据点进行进一步的攻击。相反的，他们在遗迹隐藏的地点上修建起了一座巨大的护盾生成器，并辅以一座巨型圣甲虫攻击平台进行防御。作为UNSC在当地唯一完整的武装力量，加之调查星盟行动的目的也是其此行的主要目的，火灵号虽然势单力孤，但还是承担起了主要的攻坚任务。
秋风之柱号在此处帮了大忙，其舰上搭载的五辆M-145D犀牛坦克装备有UNSC最新研制的原型电浆炮，这些新武器在破坏星盟护盾的作战中发挥了关键作用。最后，火灵号上的部队终于控制住了先行者遗迹，遗迹的信息揭露了一颗先行者曾经踏足过的星球（Shield 0459），而在这颗星球中，则隐藏着一大批先行者留下的舰队。人类眼下在舰队战上已然是败多胜少，若是让星盟取得了这些更加先进的舰船，人类的灭亡也将指日可待。
当火灵号占据这些遗迹时，星盟其实已经获得了相关的信息，并派遣部队前往了这些星球想要夺取这些无主战舰。然而，他们虽然先找到了先行者的“船坞”，却发现穷极自己的技术力量，也无法启动这些强大的武器。
这里有必要稍微讲一讲先驱者的故事：（以下内容引自在下的《光环5》评测）N万年前，先驱（Precursors）创造了先行者（Forerunner），却将守护银河系及全部生命的职责（Mantle of Responsibility）传递给了远古的人类文明。先行者因此对先驱宣战，将先驱基本消灭。部分先驱失控，化身成了洪魔——一种能够寄生并改造几乎所有复杂生命体的寄生生物。洪魔开始扩散，远古人类文明与洪魔战斗，却因此毁灭了先行者控制的某颗星球，引发了远古人类与先行者之间的战争。这场战争的结果是先行者灭掉了因洪魔变得虚弱不堪的远古人类文明，将远古人类文明打回了文明初级阶段。洪魔进一步扩散，先行者洪魔之间的战争是一场长达300年的节节败退，他们拿出的最后解决方案是光环——能够在瞬间杀死银河系内所有复杂生命体的超级武器。它虽然不能消灭洪魔，却能让洪魔因没有宿主而“饿死”。先行者最终发动了光环，用悲壮的同归于尽控制住了洪魔的威胁。在光环事件后崛起的星盟将先行者奉为神明，也正是因为他们在考古发掘中发现先行者曾经将人类指明为其遗产的“继承者（reclaimer）”，以神权统治为基础的星盟才对人类发动了一场旨在种族灭绝的战争，以掩盖其潜在的灾难性信仰危机。
换句话说，这些战舰是先行者醒悟后为人类留下的遗产，星盟虽然先找到了它们的位置，却不得其门而入。面对这个尴尬的局面，悲怆先知（Prophet of Regret）派遣神风烈士利帕·穆阿米返回阿卡迪亚，通过一场成功的突袭绑走了研究员艾伦·安德斯。虽然理论上讲，人类都可以被视为“继承者”的一份子，但星盟之所以选择艾伦·安德斯，是因为在之前的先行者遗迹中，星盟发现这个女人居然可以激活先行者留下的宝物。
艾琳·安德斯
我想，星盟之所以没有随便抓个人类来激活舰队，大概是因为觉得不如抓这个已经确定好使的来着保险吧。
星盟对安迪斯的绑架让火灵号警觉起来，他们尾随着星盟的脚步追到了先行者的要塞。在这里，安德斯那过人的智商和行动能力证明了星盟没有随便找个人类来看门可能是一个致命的错误，因为尽管在星盟的威逼下安德斯激活了先行者舰队，但随后她就趁着星盟士兵们在先行者舰队的雄姿面前目瞪狗呆时逃走了。逃回了火灵号的安德斯这时提出了唯一一个可行的方案，那就是使用火灵号上的FTL引擎来制造一场连锁反应，将整颗星球引爆，将先行者的遗产毁弃。
在火灵号的地面部队与星盟展开激战时，他们遭遇了一种前所未见的可怕生命体，这就是在N万年前将先行者逼至绝境的洪魔。这是新人类文明与洪魔的第一次遭遇，它发生在2531年，比秋风之柱与士官长在四号设施之战上遭遇洪魔早了21年。然而，UNSC却没能在当时就得到火灵号所取得的宝贵资料。因为在先行者要塞上，星盟即将取得先行者的舰队，尽管希望渺茫，火灵号必须不惜一切代价阻止他们，否则这场决定人类生死存亡的战争在这里就将结束。
情势至此虽然危险至极，但也清晰明了，卡特船长批准了安德斯的计划，船员们将火灵号的FTL反应堆拆下，准备引爆。在行动中，利帕·穆阿米率领着自己的卫队再次杀到，但这次他们没能得手，因为这次迎接他们的除了有弗吉中士和他的陆战队员，还有斯巴达红队的三名超级战士（Alice-130、Douglas-042和Jerome-092）。
在战斗中，弗吉亲手杀死了利帕·穆阿米，成功一雪前耻。可由于作为炸弹的FTL反应堆受损，无法遥控引爆，危急中，弗吉决定自己留下，亲手引爆FTL引擎，为最终的胜利献出了自己的生命。
先行者的要塞位于偏僻的深空之中，远远超出了人类当时的活动范围，由于失去了FTL引擎，只有常规动力的火灵号只能慢慢开往人类控制的区域。火灵号的船员就这样在要塞爆炸的余晖中和在冰冷的睡眠里结束了自己的战斗，而UNSC的战友们都不知道，正是因为他们的努力，人类躲开了一场灭顶之灾。
初代《光环战争》的剧情至此完结。
火灵号的漫长漂流持续了28年，在这28年间，人类与星盟的战争已经结束，士官长成为了拯救人类的英雄，科塔娜率领一众AI的叛乱也刚刚于前一年爆发。火灵号错过了这一系列重大的事件，在UNSC的档案中，这艘老船的服役状态也正式从MIA改为了LIA，并在战后的纪念活动中为他们举行了葬礼。飞船上的AI赛琳娜也在船员的冬眠中耗尽了自己的寿命，在最后按照UNSC的人工智能管理条例的相关规定实行了自我终结，留给卡特船长的只有一段遗言。
到了2559年，火灵号收到了一组来自UNSC的信号，战舰终于被唤醒。醒来之后的火灵号船员发现，战舰在28年的漂流后居然来到了“方舟”00号设施附近（先行者制造的巨大人工天体，光环的建造于维护中心，而这并不正常，因为00号设施距离他们开始漂流的很远，根本不是常规航行在28年内能够到达的地方），他们所接收到的信号就来自方舟上的UNSC研究站。
但是，他们接收到的并非是常规广播，而是求救信号。袭击他们的既不是暴走的AI，也不是星盟残部，而是一支人类此前从未遭遇过的敌人“被放逐者”。
被放逐者是一个以鬼面兽（Jiralhanae）为核心的佣兵组织。但在星盟的神权体质下，佣兵对于他们来说仅仅是一个名义，在实质的作战中，他们与最低等的奴隶几无二致，总是被派往最危险的战场被毫无价值的牺牲。这样的作战竟然发展成了某种仪式化的行动，鬼面兽战士一批批的在星盟的指挥下，为了他们并不信奉的宗教在战场上发动自杀攻击，一次40人，每次都无人生还。直到有一次，一名叫做Atriox的鬼面兽战士成为了这种死亡冲锋的唯一幸存者，在从战场返回后，他掀起了对抗星盟的反旗。
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