被放逐者的叛乱很快在星盟的后方形成了一片燎原烈火，人类的存在对于星盟来说或许是足以动摇起宗教统治基础的巨大威胁，但在军事方面、按照按照方舟研究设施幸存的AI伊莎贝尔（Isabel）的说法：被放逐者才是星盟这些年来真正的心腹大患，星盟甚至没能在与被放逐者的战争中占据主动。换句话说，这些年来，如果没有被放逐者在后方对星盟的牵制和打击，人类与星盟之间的战争很有可能会走上一个截然不同的方向。
在星盟与人类的战争结束后，星盟陷入了血腥的内战。但被放逐者对鬼面兽和精英间的战争不感兴趣，他们野心也与统治方式也与星盟截然不同。相比之下，星盟是建立在对先行者的信仰为基础上的神权政体，而被放逐者则更像是一股星际蝗灾。至少在星盟战败以前，放逐者并没有占领任何领地，他们所做的就是掠夺和破坏，无数富饶的星系在他们身后化作一片废墟。
火灵号在与被放逐者的首次交锋吃了败仗，三名斯巴达战士在研究设施中遭遇了Atriox本人，战斗的结果是三名斯巴达战士均不同程度负伤，Douglas-042失去战斗能力。在撤退的过程中，Alice-130也陷于敌阵，生死不明。他们带回的AI伊莎贝拉认为一艘老旧的战舰根本无法与被放逐者对抗，呼吁卡特船长立刻撤离，但被卡特船长拒绝了。
随后，卡特船长发表了一同慷慨激昂的演说，并在没有来自UNSC更高层指示的情况下，依照原则性的交战规则（此时，方舟上的人类研究设施已经给被放逐者屠灭），对被放逐者宣战。这段情节在游戏中的表现稍显突兀，不过后来我才想明白，说到底，现在的火灵号依旧是没有超光速引擎，逃跑其实并不是一个可选项。唯一的生路是在方舟上寻找联系UNSC的方法，或利用方舟上的传送门回到地球。所以，这段热血演说的背后其实是没有办法的无奈……
以联系UNSC和调查被放逐者的行动为目标，火灵号展开了针对放逐者的作战行动。在初期的交战中，UNSC挫败了一次被放逐者的掠夺行动，首次击败了被放逐者将领德西穆斯（Decimus）并发现了关于方舟“制图室（Cartographer）”的信息，并在随后的作战中控制了前往制图室的要冲。与此同时，之前在战斗中失踪的斯巴达战士爱丽丝-130则在战线之后独立展开活动，营救出了一批被俘的UNSC士兵。
安德斯对制图室的调查显示，被放逐者已经控制了方舟上的传送门枢纽，因此可以快速的在方舟各地调配部队（方舟是天体级的人造设施）。经过一场漫长的战斗，火灵号终于摧毁了敌人控制着的一个关键传送节点，阻止了他们对传送门的使用。安德斯此时提议，为了和UNSC取得联系，可以借用方舟上备用的一个光环。方舟本就是光环的建设中心，可以通过和其他宙域的传送门联系，将巨大的光环直接传送过去。由于已经被发现的04设施距离致远星较近，若是他们将光环和发信装置发送到04设施处，便有望和UNSC的部队建立联系。
不过还没等他们推行计划，被放逐者的战舰“不朽信念号（Enduring Conviction，CAS级突击航母）”赶到了战场。这艘战舰在星盟战争的后期还曾多次重创过UNSC的新锐战舰，舰龄已逼近一个世纪的火灵号完全没有机会。与此同时，在地面作战的斯巴达战士爱丽丝-130也因为失去了来自火灵号的空中支援而陷入苦战。
接下来的战事惊险而混乱：一方面，火灵号在研究设施中解救出来的AI伊莎贝尔发现了一门方舟上的粒子炮，安德斯经过一番尝试后控制了粒子炮，但粒子炮未能消灭不朽信念号，仅仅破坏了它的护盾。与此同时，伤势基本痊愈的斯巴达战士杰罗姆-092则利用这个当口通过重力电梯登上了不朽信念。他把AI伊莎贝尔带在身上，后者在登船后暂时接管了敌舰的火控系统，一心想为研究设施中惨死同僚们报仇的伊莎贝尔用敌人自己的武器猛烈轰击地面上的被放逐者，由于火力过于猛烈，此举激活了方舟上的防御者。如黄蜂般的防御者涌向不朽信念号，很快将其彻底摧毁。
战后，Atriox审视着自己战舰的废墟，忽然之间，一座巨大的光环在他们面前升起。Atriox的第一反应就是派遣部队抢夺光环，在一番大战之后，Atriox试图与火灵号谈判。他向卡特船长开出条件：只要他们放弃方舟和光环，就允许他们自行离开。卡特拒绝了Atriox的提议，双方就光环的控制权展开了最后的争夺，最后安德斯终于得以进入光环的控制室，没能和UNSC的部队一起撤离。光环的传送机制被发动，安德斯和光环一起被传向了04设施所在的宙域。
但是，这次旅行并未像预想的那般顺利，在光环在半路脱离了亚空间，在控制室内，一个巨大的身影出现在安德斯面前，俨然是一个守卫着（Guardian）——先行者们建造的机械警察。
《光环战争2》的剧情至此完结，虽然情节上给人戛然而止之感，但照这个趋势发展下去，火灵号的故事线将很有可能会和科塔娜的叛乱联系在一起。
若果真如此，我们与火灵号的再见，应该就是在《光环6》里了。
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