利益分割并非那么容易，机战的版权谈崩并不少见。日本著名漫画家横山光辉曾授权一部机器人作品《大铁人：地球静止之日》参战《超级机器人大战α》系列。然而老爷子2004年不幸离世，版权管理落入其家人手中。坊间传闻，由于《大铁人：地球静止之日》中有其他作品的角色客串出场，因此横山家人要求“地球静止之日”必须和其他关联作品捆绑授权，支付高额的授权费用。截至目前，α之后《大铁人：地球静止之日》再也没有加入过版权作机战。
“地球静止之日”或成绝唱
业界知名啃不动的骨头还有广井王子和他创作的《樱花大战》、《魔动王》、《魔神英雄传》等作品。玩家群中流传最广的说法是，广井王子看不上《超级机器人大战》这款游戏，甚至有厌恶之情，表示过《樱花大战》和《魔神英雄传》永远不可能登录机战。
《机战V》正式发售当天，手游《超级机器人大战X-Ω》突然宣布了《樱花大战》限时参战的消息，这几乎是所有机战粉丝所料未及的大事件。十几年来，由于广井王子传言的存在导致玩家从未对《樱花大战》抱有过希望，但此次参战无疑意味着版权问题的又一次巨大突破。实际上，《超级机器人大战X-Ω》原本就是一款世嘉研发的《锁链战记》换皮作品，而《樱花大战》原作游戏也属世嘉开发，因此这次授权极有可能是世嘉在其中斡旋的结果。另外，《樱花大战》之前已经参战过眼镜厂的另外一款版权作游戏《交叉领域计划》，只是参战方式是角色，并非机体。
《樱花大战》已联动机战手游，距离正统续作还有多久？
2009年，寺胖对“为何《魔神英雄传》不能参战”的问题作出了模棱两可的回答：“我不是不知道为什么不能参战”。虽未能正视问题，但透露的确存在难以逾越的鸿沟。
传说中广井王子的不可能之壁
以《勇者王GGG》最为出名的“勇者系列”也很少参战。据传，当时作为TAKARA与KONAMI一同从动画制作方SUNRISE取得了将动画改编成游戏《勇者传说3》的授权。《勇者传说》系列类似超级机器人大战，是TAKARA社内勇者系列作品的集大成之作。然而因为杂志“电击Playstation”未经允许擅自泄露了游戏动画，导致整个项目被取消，KONAMI退出游戏制作团队。之后时隔三年，项目才在ATLUS的介入下重启。游戏重制后改名为《新世纪勇者大战》，并且由超级机器人大战旧世代的开发商Winkysoft制作。据传，这次打击不仅让游戏延期重制，让TAKARA蒙受了不少损失，还向万代旗下的SUNRISE支付了赔偿金。当时Winkysoft也在和眼镜厂闹分手，使得“勇者”侧和“机战”侧搞得都不怎么愉快。事实上，勇者系列中最为成人向的《勇者王GGG》登录过机战版权作系列，但是被誉为“版权费最贵的作品”。《勇者王GGG》原本计划在《机战α》首次登场，但因为版权问题被拖延到了《第2次机战α》。动画制作的主体是万代旗下的SUNRISE，所以在本篇和“FINAL”篇的授权问题，获得了SUNRISE一侧的支持。这次机战V新登场的《勇者特急》是除勇者王以外为数不多的“勇者”系列作品。
无法进入机战的还有一部作品《五星物语》。理由与广井王子相似，是据说作者永野护不希望作品进入机战。当然不是所有的制作人都对加入机战持反对态度。《地球防卫企业》因为其防灾救助的机器设定使得眼镜厂没有把这部作品列入参战计划。之后，《机动战士高达00》参战时，同为《地防》监督的水岛精二在推特上公开表示希望眼镜厂能够让这部作品加入到机战的大家庭中。在监督的请求下，最终《地防》被《第2次机战Z》选中参战。也不是所有的请求都会被答应，例如游戏《前线任务》不能参战的主因是开发商一侧是史克威尔艾尼克斯；阿姆罗的CV古谷彻希望能够让自己出演过的《无敌太空船GroizerX》参战，结果被寺胖 “这剧就没人知道好吧”一票否决。曾经还有人提议把《健全机斗士》引入机战，也被寺田贵信笑着说“如果进了的话机战大概要成为17禁游戏”打发过去了。
著名烂尾神作《五星物语》也很难进机战
《健全机斗士》的图放不出来，你们自己搜去吧。
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